在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改
在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改？或者是哪里出现了问题？
四个文件并不一样大小
感病亲本
子代感池，名称那一栏，子代的名字变为了Sparent
子代抗池，里面抗池名称那一栏变为了Sparent
最佳答案 2020-12-07 22:41
GATK是自动从bam文件中识别样本ID的，你做bwa比对的时候注意设置 -R 选项设置样本名字：
-R "@RG\tID:$sample\tLB:$sample\tSM:$sample\tPL:illumina\tPU:$sample"
如果觉得我的回答对您有用，请随意打赏。你的支持将鼓励我继续创作！
