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VCFtools过滤时结果里什么都没有是为什么
VCF
vcftools
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重测序
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omicsgene
- 生物信息
2021-02-16 15:45
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS
输入文件有问题,或者过滤条件太严格了;
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小土豆
提出于 2021-02-15 14:58
相似问题
老师好,我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。
1 回答
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在singularity中复现遗传进化中数据过滤时出现以下信息导致clean.vcf.gz大小不符合demo
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vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率,激昂杂合率设为80%或者60%,如果是自交系或纯合体,杂合率设为10%-20%怎么改
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