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老师您好，我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因？

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我想请教一个问题，如果没有GFF文件，能从基因组中进行基因序列提取吗？批量的那种？ 另外，方便的话可否推荐一个提取序列好用的软件，感谢！

  • 2020-05-28 21:29
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老师，您好！对于NCBI上没有公布基因组注释文件的，我该怎么去找对应物种的gff？

  • 2020-05-27 21:47
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有没有TBtools的安装包啊，免不免费的都行

  • sham 2020-05-27 15:46
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5 如何对比判断一个物种两个基因组质量的好坏？

  • 2020-05-26 18:14
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5 构建系统进化树时利用课程提供的脚本提取不出来cds序列是为何？

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5 老师，您好，学习咱们得基因家族分析课程。按照咱们得代码运行，发现第二次搜索hmmsearch，发现输出空吧，我把以前生成的文件和你们提供的demo比了一下都一样，可是WRKY_domain_new_out.txt空白

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进化关系分析老师你好！我想看看这几个bhlh基因中的哪个和sa6G516730的亲缘？ 进化分析得出sa6G516730跟bhlh12 关系比较近，但相似度分析sa6G516730跟bhlh114比较近这种情况下我该选择112还是114呢？

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10 NCBI序列上传

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老师你好！多个物种（黄瓜、拟南芥）构建进化树，用蛋白序列做多序列比对时，把所有序列一起弄到MEGA软件中进行比对这样做对么？有老师说用mega做多序列比对时，序列数最好不要超过80条，我提交了300多条一起做的多序列比对，这样做出来的结果会不会有问题呢？

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请问怎么找不同棉花品种里面的直系同源基因？

  • 2020-05-06 23:24
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各位老师好，我要分析的基因家族没有fa. pep. gff3. 和cds文件，请问还有其他办法进行分析吗？

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请问老师植物叶绿体基因组数据GFF和CDS等怎么下载？

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提交基于二代测序的数据组装分析得到的基因组组装数据

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老师你好！有关MCscan的使用

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5 bootstrap consensus tree导出nwk文件格式时Branch_lengths选项无法选择

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老师，下边这种物种之间的进化是一个基因和他的同源基因做出来的嘛，如果是基因家族的所有基因可以做这种物种进化嘛

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您好，Mcscan分析出来线条太少，是什么原因造成的？

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20 NCBI的数据库更新了，两份数据文件用哪个？

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MCScan共线性分析画图问题：list index out of range