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已有一段序列及相应的氨基酸如何blast基因组中的基因家族

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5 老师，我利用脚本得到对应基因的蛋白序列： perl script/get_fa_by_id.pl WRKY_removed_redundant_IDlist.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pe p.all.fa WRKY_pep_need_to_confirm.fa 时，程序出现错误。 ，这是怎么回事啊？

  • DII 2019-04-11 19:38
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老师，请问一下青蒿的基因组数组可以在那个网站上下载得到呢？

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5 下载拟南芥基因组注释文件老是报错

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老师我想问一下我没有以下这种情况，就是比如说鉴定的马铃薯基因在马铃薯数据库中有，但是在ncbi中没有找到它的序列，这种情况应该怎么做呢，因为要做基因定量的话只有在ncbi中可以看到它的CDS区

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请教一下，如果基因组注释文件不是染色体序号而是scaffold序号，是不是代表着这个物种的基因组染色体定位尚不明确呀？

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请问老师，做基因组共线性的物种组装必须都是complete genome吗？还是 scaffold也可以呢? scaffold水平有什么弊端？

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5 MCScanX分析中collinearity文件没有结果 其余都有 是什么原因呢

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进化树构建

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5 基因家族今年还好发文章吗？

  • 2019-03-15 16:52
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5 现在做基因组denovo还能发个啥水平的文章？

  • 2019-03-15 16:50
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5 我再ITOL上传了进化树文件，为什么总显示图片的结果，不知道是nwk文件出了什么问题

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15 老师；我这儿GFF3文件格式和教学视频不一样；蛋白序列上显示gene_id有三个；我不知道如何选取哪一个进行接下来的GFF3基因位置分析；GFF3文件上没有染色体位置信息，和教学视频的格式不同-gene出现在第3列；gene_id出现在第9列我该如何选取有效的ID呢？如何修改Perl脚本？如何能成功提取基因位置信息呢？望老师指点！谢谢呢

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5 MCSCANX共线性图代码报错

  • YJY 2019-03-06 12:05
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5 如何进行分子调控网络解析？找出下游靶节点，筛选出互作蛋白。

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5 请问我要分析的物种里gff文件没有染色体命名信息，该怎么办

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15 怎样获取全基因组的蛋白序列

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5 做基因组测序是二代、三代、Hic、光学图谱的作用分别是什么？

  • 2019-03-01 08:21
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关于MSCanX画图问题

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5 DNA甲基化测序为什么比重测序贵那么多？

  • 2019-02-23 13:04