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线粒体基因组组装挑选contigs的标准是什么？

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老师您好，我用plantcare分析顺式作用元件时，只要一上传文件就报错，上传文本（一条序列）的话能正常出结果，不知道这是什么情况

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运行go_enrich.r报错

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清理内存后发现，docker运行不了了

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PASA.assembly-Trinity denovo 组装-jellyfish报错

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物种注释报错

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老师，gff文件保留最长转录本有蓝色那一行的可以输出成功，上面没有那行输出的就是空白文件，我想知道没有蓝色那行的gff文件是不是可以自己照着格式写一行

  • aa1 2025-01-07 23:47
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二代和三代sv数据合并出现问题，若能回答，万分感谢

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群体sv分析

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泛基因组 eggNOG得不到结果

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泛基因组 eggNOG得不到结果-2

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在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

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老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

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比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

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基因结构注释效果不理想

2 解决

10 参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级染色体，各染色体大小分布非常不均匀

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二代DNA测序数据进行kmer分析，结果如下图，想请问可能的原因和建议。

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老师，我有20个不同菌株的基因序列（fasta文件），请问怎么进行基因组学分析？

  • 2025-02-23 13:46
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老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

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怎么从泛基因组call SNP呢？

  • 2025-03-05 17:34