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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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deepTE.py报错

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老师您可以分享一下buildRepeatSummary.pl脚本嘛

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mcmctree运行很长时间

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请问一下老师，在大讲堂学习的时候用的是docker＋Linux系统，但是回来以后课题组用的是vmware虚拟机，那我怎么将docker的镜像放到vmware中呢

  • Nier 2025-09-10 12:17
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建立索引时出现报错，但依旧出现了一些文件，想问问报错原因怎么处理

  • xxx 2026-01-07 15:24
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请问各位老师有没有像用脚本buildSummary.pl统计out文件一样的可以用于统计gff格式重复序列注释文件的脚本？

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但我后面加了$之后它先是报错没有index目录，创建之后运行不报错但没有运行结果

  • xxx 2026-01-06 14:41
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叶绿体比较基因组分析你好，我组装好的Fasta文件是一条一条的，课程里重复序列和多态性分析用的示例文件是总all.fasta,我需要怎么能整合起来，一条条好像也分析不成

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nucmer比对出现问题，导致部分样本没有结果

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想知道sh scriptdir/index.sh怎么创建才能用于索引建立，输入指令显示不存在

  • xxx 2026-01-06 10:38
3 解决

我更改文件名之后还是会复制不成功，这条命令应该怎样更改才正确，位置路径在R中显示是home/gene/genome

  • xxx 2026-01-04 15:37
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泛基因组基因家族_PAV分析，核心和可变基因富集分析问题

  • Oho 2025-12-25 09:56
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老师，您好！我是集美大学水产学院的博士研究生，目前主要研究方向为坛藻类的基因组选择与分子育种，近期重点关注多模型整合优化在产量性状改良中的应用。

  • Kong 2026-03-06 21:20
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转录组代谢组联合分析时，绘制CCA图时代码meta_cca_forward_pr.site <- data.frame(meta_cca_forward_pr.scaling1$sites)[1:2]报错，错误于`[.data.frame`(data.frame(meta_cca_forward_pr.scaling1$sites), : 选择了未定义的列，使用公司提供的数据也出现该错误，请问老师是哪里的问题

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请问做那个叶绿体基因组散在重复序列除了用REPuter这个网站做，还能用什么做啊