sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

在组装基因组之后，进行assembly_stat的环节。在进行gc-depth 分析的时候，需要将CCS测序的reads比对到组装的基因组上，用的命令是：minimap2 -t 10 -ax map-hifi contig.fa $hifi > aln.sam。然后将sam转换成bam文件，命令是：samtools sort aln.sam -o aln_sort.bam。但是会报错：samtools sort: failed to read header from "aln.sam"。打开aln.sam文件，发现头部信息很乱，如下图：

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分类：基因组学

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2 个回答

Ti Amo 3天前

1. 需要确认你的测序数据是ccs，并且对应使用的是minimap2的 -ax map-hifi；

2. 需要确认minimap2比对结束，并且不存在报错 （这个需要着重确认，没有看到你的图片，但是通常是比对未完成才会出现混乱）；

3. 如果确实比对完成了，但是头部缺失，可以尝试samtools view -bT contig.fa aln.sam > aln.unsorted.bam添加头部。

omicsgene - 生物信息 3天前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

检查这个命令是不是正确完成；

minimap2   -t 10 -ax map-hifi contig.fa $hifi > aln.sam

sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

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