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老师，麻烦问一下，共线性分析作图时遇到这个问题是什么意思？

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构建进化树时，有一个基因家族成员的domain序列太短，成列删除gap也不行，删除整条序列后才能构建进化树，但是这个基因的确是成员之一，有什么解决办法吗

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一个基因的domain在不同的数据库网站上的注释长度不同，比如在CDD上1-30，在RGAP上1-31。我是否可以在在构建进化树时，同一使用CDD注释的长度。

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在MCScan中报错

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老师好，我下载了你们提供TBtools安装包，安装好后打开总是出现这个对话框，无法使用，怎么办呢?

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老师，构建进化树时，个别家族成员保守域太长或太短，导致无法构建进化树，请问怎么解决？

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基因家族分析时获取基因与mRNA的对应关系

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circos图画共线性图时，因为家族的基因很多有50+,如何让所有的基因名称都显示在外圈。现在只是部分显示，有的基因挨得太近显示不出来。怎么办。

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共线性分析 视频介绍的不详细

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5 染色体位置，导出之后是空文件

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gff文件里的geneID和CDS,蛋白质里的对不上，下载了好多版本都这样，有什么办法处理一下吗？

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计算KAKS报错，本来想通过多序列比对时修改，但是多序列比对软件自己运行，没有办法选择。

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求救 为什么我删掉：前的为了与蛋白一致，可不显示转录本信息呢，是我删错了吗，应该删除哪个？

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我在构建进化树的时候，分类依据是拟南芥的分类和进化树本身的特点，但发现有的成员分类错误，采用ML法，校正参数Bootstrap设置为1 000次重复，结果出来后却发现，AtLC10本应该在第二组，AtLC13应该在第三组，但实际的结果恰恰相反，之后我又换了NJ法，结果还是不理想，依然有成员分组混乱，不知道我是哪里做的不对，希望得到指导。（AtLC10:AT5G01190.1,AtLC13:AT5G07130.1）

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老师好！我的物种基因注释水平在scaffold，之前课程里面的思路和脚本是否还适用？我需要有什么注意事项？附有参考文献分析方法和数据。求老师指导。感谢！

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删除哪个？

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发现一个基因通过domain_xulie.pl提取的位置与SMART鉴定时的domain、cdd的domain的位置不一样，有长有短，怎么办

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MCScanX共线性分析出错，请问如何解决？

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启动子分析，使用get_promoter.pl提取上游序列时发生如下报错（不能读取脚本第21行），请问该怎么修正啊？

2 解决

3 MCSCANX共线性分析原理和串联重复分析