mcscanx分析 family_circle_plotter 绘图时生成的图片残缺

用mcscanx分析绘图时,生成的circle图片不完整,染色体重合,检查各文件中基因ID对应,也无空格。麻烦有经验的同学老师们帮忙看看,你们有没有类似状况,谢谢大家!

gff文件:attachments-2020-02-hUWGg83w5e3a859bd224d.png

collinearity文件:attachments-2020-02-eTC1Qtfx5e3a85ccaeb2c.png

family.ctl文件:attachments-2020-02-FYLhvF9g5e3a85fa3ac3b.png

基因家族ID信息:attachments-2020-02-foF7SOkW5e3a86a77a6f3.png运行命令:attachments-2020-02-beClVIwR5e3a8a34aed2a.png

最后生成的图:attachments-2020-02-QL9hcrg25e3a8a69237ca.png

图上染色体有重合,残缺。

用detect _collinearity_within_gene_failies.pl分析连线时,生成的文件里有结果。


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

建议用课程里面的circos软件绘制这个图。

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香蕉芝士卷

谢谢老师,用circos绘图,解决了

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