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请问老师NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息的问题。

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请问已经建好的进化树，可以用Evolview改ID的名称吗

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老师，请问一下我这儿有三个HMM文件，我想一次性筛选出同时含有三个结构域的基因家族，不知怎么可以做到呢？

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老师我用这个脚本文件提取基因的注释信息，为什么只能提取出CDS的位置信息呢，其他如外显子位置信息提取不出来呢？如下图，请问老师这是什么一个原因呢？

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老师你好， 一般来说，用hmmer搜索出来的结果和 blast出来的结果，哪个比较好一点呀？

  • yan 2020-03-16 12:33
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bio-linux中用hmmsearch遇到问题

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小麦基因组Un不能做串联重复的话，做大片段重复和共线性分析可以吗？还是Un序列上的基因只能以同源基因来说明，谢谢老师

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请问老师我做了一个植物 基因原核表达到载体里验证功能 验证这个植物基因TPS家族的一些基因。

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10 基因ID、cds ID与蛋白ID三者均不一致

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请问老师，在用tbtools做进化树，基因结构，motif三者图时，出现进化树基因有43个，但是基因结构图和motif图基因数只有36个是撒原因？？

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5 基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件

1 解决

老师您好，咨询一下转录组和基因家族结合发文的问题

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做物种间共线性分析报错，请问哪位大神可以指点一下

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共线性分析

  • Li 2020-03-11 20:17
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10 求助大佬，circos图chr.info文件怎么整理？

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使基因ID与parent的ID一致，用sed命令处理完之后发现ID下划线后面与其他ID不一致，是不是需要手动删除？

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5 老师您好，我在用MEGA构建完系统进化树后，树的下方有一大片空白，选中某一分支的绿色选中框也偏下，不在分支本身，卸载了又重装，重新分析建树依旧是这种情况，想请教一下老师有没有遇到过这种情况，谢谢！

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20 想通过文献来确定拟南芥UFGT基因家族有多少个成员，但是苦于一直没结果，老师能帮忙推荐一下有什么文献吗

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mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

  • zhoy 2020-03-09 00:22
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求问大佬，scaffold水平的circos图会影响生物学意义吗？