2 解决

3 MCSCANX共线性分析原理和串联重复分析

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请问blastp比对后再提取结构域，结果是空文件，这是怎么回事呢？

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/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH rapa --cscore=0.7 运行不下去，出现下面的情况，请问是不是我的python有问题？

  • 2019-11-25 10:38
2 解决

分化时间计算中的r值

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TBtools无法使用和更新

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运行meme motif analysis时报错，无meme文件，locate也找不到biosoft或meme-v4.12.0

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您好，请问顺式元件在线预测网站PLACE为什么进不去？您知道是什么原因吗？

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根据蛋白质序列的批量Go注释和富集

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老师你好，共线性分析问题

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你好老师，在基因家族比较时候，准备bed文件和CDS文件问题

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软件安装

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软件无法使用

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共线性分析出错

  • zhoy 2019-11-15 14:38
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hmmsearch时解析文件失败，结果文件是空的，是什么原因？

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用GSDS构建启动子元件图出现Error: BED file parsing error. Error: GFF file parsing error. Error: 35

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老师，我发现同一物种在不同的网站下载的cds,pep,gff文件信息有些不同，比如有个转录本信息在NCBI下载的cds文件中就可以找到，在jgi下载的cds文件中就没有。这样鉴定的成员数目是不是就不对呢

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老师，一个物种的某个基因家族基因鉴定完成，我还有必要再次鉴定其数目吗，还是说按着已发表文章家族成员，继续向下分析。

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老师，请问我在做基因组间共线性分析，我的gff 文件，和cds 文件格式如下，如何修改这两个脚本文件get _gene _bed.pl和get _fa _by _bed. pl ，才能提取成功进行下一步分析，谢谢！！

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老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

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下图蓝色块是我想研究的结构域，按老师讲的脚本应该$a[9]==3，可是为什么提取不到这部分的结构域序列呢？请问哪里是不是错了呢？我该怎样调整呢？之前做的这个文件geneid2mRNAid.txt也是空的。