TCGA-ceRNA网络构建

TCGA-ceRNA网络构建

ceRNA(Competing endogenous RNA):内源性的竞争型RNA。这类RNA能相互竞争性的同miRNA结合,所以他们之间存在一定的相互作用。

目前在TCGA中研究比较多的是lncRNA, 编码蛋白的基因以及miRNA 三者之间的ceRNA调控网络。

构建ceRNA 网络,需要进行两类分析:

1. 差异表达分析: 分别对lncRNA, 编码蛋白的基因,miRNA 进行差异表达分析,获得差异表达的分子,进行下游的分析

2. miRNA靶位点预测:分别预测一下差异表达的miRNA 能调控哪些差异表达的lncRNA,和编码蛋白的基因。

有了上面的两个分析,基本上就可以构建ceRNA调控网络。但是也有几个问题需要考虑:

1. miRNA 靶位点太多: 由于miRNA和靶位点的相互作用不能很强,主要是靠2-8位的序列,这就导致特异性比价差,建议结合实验数据,对靶位点进行验证,获得可靠的调控关系信息。

2. lncRNA与编码蛋白基因间的相关性: 基于ceRNA理论,竞争性的分子间存在着一定的协同相关性,可以基于分子间的相关性,对构建的ceRNA网络进行优化





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  • 发表于 2018-10-19 15:49
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  • 分类:TCGA

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microRNA
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