GEO数据库dataset和profiles区别

GEOdataset

GEO Database

  近年来,利用高通量方法检测基因表达越来越普及,诸如微阵列杂交和基因表系列分析(SAGE)可以同时测量数以万计的基因转录脚本(gene transcript)。基因表达大棚车(GEOGene Expression Omnibus)则是归档和自由分发科研人员提交的高通量基因表达数据的公共仓库。目前,GEO存储了大约10亿单个基因表达的数据,来自于100多种生物,内容广泛涉及到各种生物学问题。这些大容量的数据可以使用用户友好的以Web为基础的工具进行有效的挖掘,检索和可视化表达。GEO的网址是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

GEO数据库dataset和profiles区别

我们在NCBI上搜索数据的时候,会发现有两个搜索入口,GEO DataSets 和 GEO Profiles,那么他们有什么不同呢:

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通过下面的介绍,我们就可以知道他们的不同了:

搜索数据选择GEO DataSets,如果搜索某个基因表达量可选择GEO Profiles。


GEO数据介绍

GEO数据库里的数据是免费的,可以直接在线下载。但是,在下载数据之前你要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型:

一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集,一个GSE里面可以有一个或者多个GSM(Samples)样本,而每个数据集都有着自己对应的芯片平台,就是GPL(GEO platforms)。GSE编号一般为作者提交时生成的原始数据编号,后续NCBI中的工作人员会根据研究目的、样品类型等信息归纳整合为一个GDS(Datasets),整理后的数据还会有GEO profile数据,也就是基因在这次实验中的表达数据。GDS里面的数据往往对应相同的平台具有可比性,另外,不是所有的GSE数据都能被整理,所以,有的GSE数据里面没有GDS数据也是正常。

详细信息见:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/overview.html

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  • 发表于 2018-10-28 06:58
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  • 分类:软件工具

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