miRWalk: 一个预测人类miRNA靶基因的网站
构建ceRNA网络时，需要预测miRNA调控的靶基因。动物的miRNA主要靶向基因的3‘UTR区域，但是由于miRNA对靶基因的调控，不太严格，主要是依赖于miRNA 5‘的 2-8位seed区域。目前虽然有很多的在线网站支持动物miRNA靶基因的预测，但是大部分网站都很少更新，数据比较陈旧，今天就讲一个一直在更新的miRNA靶基因预测网站miRWalk。
1. miRWalk 简介
miRWalk是比较早的一款miRNA靶基因预测软件，第一版是在2011年发布，之后在2015年发布V2 版本，并登上了Nature methods杂志，目前更新到V3 版本。 支持在线对人类，小鼠，大鼠，狗，牛等物种的miRNA进行靶基因预测分析，能够保持一直更新的在线服务，那都是良心之作呀。
2. 在线预测
miRWalk支持两种预测模式：
2.1. 从miRNA出发，预测其调控的靶基因，其中miRNA的ID 支持采用miRNA的名称， miRBase 中的编号以及miRNA的家族名称。预测操作非常的简单，数据miRNA的ID即可。
2.2 从靶基因出发，预测能调控该靶基因的miRNA, 其中基因的编号支持Gene symbols ,EntreIDs和 Ensemlb-IDs。操作也是傻瓜式的，数据基因的ID即可。
由于动物miRNA识别靶基因的seed区域比较短，所以预测到的靶基因会非常的多，miRWalk的预测结果过支持联targetscan, miRDB，miRTarBase等数据库或软件进行一定的筛选。
3. 离线预测
miRWalk 除了能够在网站上进行少量的miRNA和基因的预测，也可以将整个的数据库下载下来，在本地的机器上进行预测，这样比较方便对批量的miRNA和靶基因进行预测。目前支持靶位点在基因的5UTR，CDS，3UTR 三种数据，但是一般miRNA的靶位点在3UTR区域。所以下载3UTR即可。下载到的文件，需要写一些脚本，提取，筛选miRNA和靶基因的预测结果。
如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程：
- 发表于 2018-09-18 11:48
- 阅读 ( 14702 )
- 分类：smallRNA
