R - 文章 - 组学大讲堂问答社区

使用R包(VennDiagram)进行韦恩图绘制时相关参数调整

介绍一些VennDiagram常用的绘图参数

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每天学习一点点
发布于 2023-09-13 10:48
阅读 ( 61 )

R 相关性系数计算 cor() 报错

转录组分析时，计算完FPKM后进行相关性计算并绘图，出现报错： Error in seq.int(0, 1, length.out = n) : 'length.out' must be a non-negative number 该报错发生在选择颜色的函数colo...

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Ti Amo
发布于 2023-09-06 10:01
阅读 ( 64 )

ggsci 的颜色可视化

ggsci提供了一系列高质量的调色板，让我们可以快速绘制出配色舒适的图，这些调色板的灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。但是这些调色板具体包含了哪些颜色呢？他们的16进制代码是什么呢？在这里，我们提供一种方法可以快速看到ggsci中各种调色板包含的颜色，便于大家随意取用与组合，使自己的图形更加美观。

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Ti Amo
发布于 2023-08-09 17:37
阅读 ( 156 )

ggplot包中geom_histogram()报错

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安生水
发布于 2023-07-26 13:50
阅读 ( 162 )

绘制PCA图时，如何删除图例中图形符号下的字母？

在使用FactoMineR和factoextra包绘制PCA图时，如果图中每个样本显示样本名，那么该图的图例中，图形符号下面会有字母，如下图左；如果图中不显示样本名，那么图例符号下面就不会有字母，如下图...

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rzx
发布于 2023-07-12 16:26
阅读 ( 219 )

R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached

在运行R脚本的时候，出现报错，提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi...

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rzx
发布于 2023-06-29 13:37
阅读 ( 205 )

ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子留有余地代码：

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omicsgene
发布于 2023-06-08 17:34
阅读 ( 235 )

R安装units包报错解决方法

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安生水
发布于 2023-06-08 14:25
阅读 ( 392 )

flowCore R包安装报错

flowCore

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omicsgene
发布于 2023-04-17 13:44
阅读 ( 304 )

解决Rstudio Server卡顿问题

在使用Rstudio Server出现卡顿，或者每次打开server都会加载之前的工作。解决方法： 1. 清除工作区内项目信息 2. 在Termianal页面下删除session rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions...

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rzx
发布于 2023-04-07 15:39
阅读 ( 649 )

pophelper包安装

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安生水
发布于 2023-03-30 10:10
阅读 ( 465 )

dQTL.seq方法研究基因定位

dQTG.seq方法包含dQTG.seq1、dQTG.seq2、smoothLOD、C'、Δsnp index、ED六种计算方法。其中dQTG-seq1方法利用F2群体极端池标记等位基因数目来预测其基因型数目，通过观测的标记等位基因数目和...

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rzx
发布于 2023-03-29 11:56
阅读 ( 685 )

R语言数据整理——tidyr包

tidyr主要提供了一个类似Excel中数据透视表(pivot table)的功能 tidyr包主要涉及： 1)长宽数据转换；2)列分割与列合并；3)缺失值的简单补齐

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星莓
发布于 2023-03-24 15:57
阅读 ( 659 )

R语言用tidyr包进行长宽数据转换

长型和宽型数据在数据分析中非常常见。之前我们进行长宽数据转换使用较多的包是reshape或reshape2，原作者新推出的tidyr包对数据整合更加优秀，让我们一起来学习一下如何使用tidyr包进行长宽数据转换。

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星莓
发布于 2023-03-15 18:06
阅读 ( 546 )

R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

1. psych包的corr.test()函数 2. Hmisc包的rcorr()函数

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星莓
发布于 2023-03-07 13:14
阅读 ( 2525 )

R 安装magick 报错

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omicsgene
发布于 2023-02-26 20:53
阅读 ( 366 )

R及R包的更新、移除、卸载

之前的笔记分享过安装R包的三种方法，以下是关于R及R包的更新、卸载和删除。

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星莓
发布于 2023-02-22 11:21
阅读 ( 2912 )

textshaping L <stdin>:1:19: fatal error: hb-ft.h: No such file or directory

textshaping

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omicsgene
发布于 2023-02-17 15:26
阅读 ( 1246 )

R使用ggtree包报错

报错信息：Error: package or namespace load failed for ‘ggtree’: object ‘get_aes_var’ is not exported by 'namespace:rvcheck' 原因是rvcheck版本过高,降级即可 remove.packages("rvchec...