R - 文章 - 第8页 - 组学大讲堂问答社区

affy包查看全匹配探针与错配探针

affymetrix表达谱芯片查看全匹配探针PM与错配探针MM

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Daitoue
发布于 2019-02-15 15:57
阅读 ( 3282 )

你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

利用limma方法进行芯片数据差异表达分析就是那么简单！

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Daitoue
发布于 2019-02-15 15:08
阅读 ( 4744 )

部分基础绘图函数隐藏坐标轴（并重绘）

基础绘图函数可以通过相关函数隐藏坐标轴

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Daitoue
发布于 2019-02-14 11:48
阅读 ( 3819 )

简单绘制箱线图

用最简单的R代码画出基础的箱线图，两行三行搞定箱线图！

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Daitoue
发布于 2019-02-13 17:47
阅读 ( 5550 )

基因别名alias转换成官方symbol

limma包提供 alias2Symbol 可以将部分物种基因的别名，通过NCBI EntrezID转换成官方的gene symbol

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Daitoue
发布于 2019-01-04 16:46
阅读 ( 5657 )

RGB、Lab色彩模型

几种主要色彩模型

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Daitoue
发布于 2019-01-04 15:30
阅读 ( 2895 )

colorRamPalette函数生成调色板

colorRamPalette 为grDevices包函数，可用于生成渐变调色板

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Daitoue
发布于 2019-01-04 15:15
阅读 ( 4200 )

rainbow函数取色

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Daitoue
发布于 2019-01-03 17:43
阅读 ( 11133 )

R语言中读入数据时指定每一列数据类型

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安生水
发布于 2018-12-29 09:59
阅读 ( 12324 )

芯片差异分析分组矩阵

芯片数据差异分析分组信息构建分组矩阵

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Daitoue
发布于 2018-12-21 16:43
阅读 ( 5281 )

批次效应移除算法

识别和清除批次效应对芯片数据的影响相关算法

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Daitoue
发布于 2018-12-21 14:44
阅读 ( 5201 )

vcftools去除或保留vcf文件中的样品

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安生水
发布于 2018-12-21 14:08
阅读 ( 16185 )

exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度（表达量）

双通道芯片分析exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值

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Daitoue
发布于 2018-12-21 13:47
阅读 ( 4404 )

R语言绘制频数、频率分布直方图

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安生水
发布于 2018-12-21 13:36
阅读 ( 35213 )

双通道芯片MA和density

limma包可以对芯片数据进行处理绘图

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Daitoue
发布于 2018-12-14 16:50
阅读 ( 4275 )

avereps相同ID取均值（limma包函数）

avereps按照ID取均值

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Daitoue
发布于 2018-12-14 15:35
阅读 ( 17049 )

轻松搞定iTOL注释文件

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安生水
发布于 2018-12-14 15:21
阅读 ( 14717 )

Illumina microarray未标准化数据分布

不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图，Illumina microarray数据分布是基于lumi包： boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot，不过密度图确实利用hist,此处就展示一...

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Daitoue
发布于 2018-12-07 17:23
阅读 ( 3341 )

芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素，一般，RNA从5端开始降解，所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势，斜率越小，说明降...

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Daitoue
发布于 2018-12-07 16:38
阅读 ( 4400 )

affymetrix芯片未标准化数据分布

获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...

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Daitoue
发布于 2018-12-07 14:46
阅读 ( 2961 )