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比较基因组学共线性分析

  • 荣 2020-08-15 01:55
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老师，在ensemble下载斑马鱼和大黄鱼的时候，gff3文件和pep等的ID不统一的，老师给的脚本无法使用，我现在还没能看懂脚本并修改（捂脸）

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mcscan共线性分析

  • 荣 2020-08-14 23:19
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老师，比如说我要做两个物种基因家族的对比分析，那我要不要选一个中间物种与这两个构建成一个进化树进行对比？

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关于TCGA临床数据中非数值类型的数据如何处理？如图划线部分，这些肿瘤分型数据如何转化为数值，有没有参照的标准，性别这种可以用1,2代替，但类型多的数据如何处理呢？感谢老师!

  • dilf 2020-08-13 17:35
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15 有关TBTOOLS做出三连图后显示不统一的问题

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5 提取保守结构域

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您好老师，我想问一下我利用gffread把gff文件转换成gtf时，老提示duplicate/invalid 'mRNA' feature ID=BjuA000594。我研究的物种没有gff3文件，谢谢老师。

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R正在运行的时候崩了，数据可以找回吗？

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老师您好，我按照GEO芯片数据挖掘课堂上所讲的内容，通过网站直接下载了葡萄GSE = "GSE36128"和 GPL = "GPL13936"，如何能通过避免代码下载的方式获得expressionMatrix.csv,sampleTreatmentdetail.csv以及platformAnnotation.csv这三个文件?

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转录组中筛选功能基因是否需要分性别筛选？

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R怎样表格合并

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kaks计算

  • 荣 2020-08-12 10:37
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Rstudio 安装car出错，请问老师怎么解决，谢谢

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老师，像下面这种同一位置有两种顺式作用元件的情况(两种元件全部或部分重叠)，是取矩阵得分高的那1个吗？

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有关MCscanX共线性分析时一些冷门物种（芦笋，NCBI下载的文件）蛋白质序列的处理问题

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老师你好！构建进化树的时候，需要把目标基因家族的基因进行亚族分类，我看文献都是参照拟南芥来分类的（如图所示），但我没看懂它的分类依据是什么？

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老师您好！我把顺势作用元件的名称都改成了大写的，但是出现了如下报错Request-URI Too Long The requested URL's length exceeds the capacity limit for this server.

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15 有关MCscanX共线性分析时一些冷门物种（芦笋，NCBI下载的文件）蛋白质序列的处理问题

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请问一下在做mcscan分析的时候pep.fa文件里只有3w多条蛋白序列，后面得到的AT.collinearity文件里显示9w多基因是什么意思啊？

  • 荣 2020-08-10 12:50