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5 老师好！我分别用课程里fst, pi, TajimaD 方法筛选出的top5%基因，都是只有第一条染色体上的（我的数据一共有16条染色体），出的图也都只是第一条染色体的。但是用fst和pi联合筛选的基因，16条染色体上的都有。为什么会出现这种情况呢？

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5 老师，我安装mcscanx软件时打开所给网址显示有错误怎么下载啊？

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10 请问已知4dtv值，如何计算具体的分歧时间呢？

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10 在基因组组装中，有很多scaffold没有组装到基因组上，是因为什么？

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20 请问一下老师，物种间的进化树该怎么做？需要准备什么文件、工具？

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5 请问基因家族中串联重复基因的KAKS 数值在哪看？？有表示出来吗？？这一步的意义是什么

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10 请问有无预测蛋白质与蛋白质互作或蛋白质与DNA互作的网站？

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5 如何从CAFE结果中提取扩张（或收缩）的基因家族

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3 共线性分析做组间时，anchors文件只有以下内容，进行后续筛选和绘图时，报错为“need more values to unpack"，请问是何种状况？mcscanx分析有物种和同源性要求吗？

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5 基因id与cds id不一致，无法提取cds序列怎么办

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5 MCScan(jcvi) 生成anchors文件大小为怎么办？？？

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5 转录调控子（transcriptional regulator）和转录因子（transcriptional factor）什么区别？

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5 如何对比判断一个物种两个基因组质量的好坏？

  • 2020-05-26 18:14
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5 构建系统进化树时利用课程提供的脚本提取不出来cds序列是为何？

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5 老师，您好，学习咱们得基因家族分析课程。按照咱们得代码运行，发现第二次搜索hmmsearch，发现输出空吧，我把以前生成的文件和你们提供的demo比了一下都一样，可是WRKY_domain_new_out.txt空白

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10 NCBI序列上传

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5 bootstrap consensus tree导出nwk文件格式时Branch_lengths选项无法选择

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20 NCBI的数据库更新了，两份数据文件用哪个？

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10 请问大神们同一“目”（Order，分类学定义）下物种的基因组相似性大不大，想做比较基因组。

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5 假基因预测问题

  • 2020-04-08 20:35