10 合并gvcf的问题

我有一批大约300个样本的gvcf文件,我尝试使用GATK的CombineGVCFs合并这些gvcf文件,但是提示我错误:A USER ERROR has occurred: The list of input alleles must contain <NON_REF> as an allele but that is not the case at position 763769; please use the Haplotype Caller with gVCF output to generate appropriate records。由于缺乏bam文件我只能尝试别的方法合并,当使用bcftools时提示:X602.g.vcf.gz was expected to contain a single sample but actually contained 2 samples. 之后我发现在gvcf文件中的变异是以varaint和variant2两列表达出来的,图中我截取了前面几行)。请问老师,这种情况我该如何完成gvcf的合并呢?

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你这个不是GVCF,不能用这个方法合并;

我看你的文件是普通的vcf文件; 

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上善若水

.. 学到了

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