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如果利用基因来批量提取一批基因的蛋白序列，结果提取的结构域文件中，发现并不是全部的基因都提取出了序列，那么怎么查找或者说获取这些没有提取到序列的基因是那些

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有了基因的ID后，如何批量获取这些基因的染色体所在，以及这些基因的起始位置

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5 想问一下大家做蛋白质谱搜库分析的时候用maxquant我原始文件是wife.scan格式的不是raw格式的用此软件可以吗，因为看到在选项里面是有wiff的，但是我发现最后性能那里不能得到结果，显示报错，想问有没有大神可以解答一下呀多谢多谢

  • 2021-01-03 19:03
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请问如果在染色体定位中发现一对串联重复基因位于不同的两条染色体上，这说明什么？？可以说明他们的复制方式是串联重复还是片段重复吗？？

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5 请问基因家族中串联重复基因的KAKS 数值在哪看？？有表示出来吗？？这一步的意义是什么

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5 老师您好，文件共享挂载出现错误应该怎么解决呢？

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基因家族分析，用CDD确认结构域的时候，根据统计的表格，怎么找到那些未匹配到相应结构域的基因或者序列是哪个？

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5 kegg

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rocks 添加用户

  • 2020-12-31 14:56
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R分析KEGG报错两处：绘制富集的pathway和KEGG富集结果气泡图

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在基因家族分析的时候，结构域的筛选E-value值的时候，选取小于0.0001，运行命令，结果中并没有排除掉一些大于该值的序列，3.4e-05到底等于多少，是3.4乘以e的-5次方还是3.4e的10的-5次方

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利用Linux制作circos配置文件时，result文件无数据

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。只有一部对比上的，到底如何取舍呢？这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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基因组间共线性分析

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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植物的MADS-box基因家族

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老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

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老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致，虽然用的都是70%同源性。这合理吗？如果用KAKS计算出的基因对做circos圈图合理吗？

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老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢