microRNA
omicsgene
TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools
TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools
- 0
- 0
- microRNA
- 发布于 2018-10-19 16:13
- 阅读 ( 3452 )
plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）
前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果： pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息） http://www.omicsclass.com/article/507 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 ...
- 0
- 0
- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 15:44
- 阅读 ( 6983 )
Daitoue
安生水
cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分
此前给大家介绍过pheatmap聚类后的矩阵数据重排：http://www.omicsclass.com/article/507 其中给大家介绍到了pheatmap返回结果是一个列表，其中包括行列聚类的返回结果，而这一结果又是基于hcl...
- 2
- 3
- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 14:53
- 阅读 ( 14704 )
pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）
pheatmap是一个热图绘制的R包，全称pretty heatmap。利用的绘图函数是pheatmap()，对应的数据则是一个数值矩阵，譬如基于如下的矩阵10X6： > mat CK-WT-1 CK-WT-2 ...
- 0
- 1
- Daitoue
- 发布于 2018-10-19 14:23
- 阅读 ( 10270 )
blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）
blast 结果说明
- 5
- 3
- omicsgene
- 发布于 2018-10-19 12:06
- 阅读 ( 11972 )
bedtools求交集
bedtools求交集 其用法： bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式，至少三列，分别...
- 0
- 3
- 安生水
- 发布于 2018-10-19 11:30
- 阅读 ( 6532 )
多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制 genedoc
蛋白质分析，经常要分析蛋白质的保守结构域，通常要展示多序列比对结果才能说明不同序列间的保守性；看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果；今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图：
- 8
- 6
- omicsgene
- 发布于 2018-10-19 10:07
- 阅读 ( 57448 )
eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled
eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled
- 0
- 0
- omicsgene
- 发布于 2018-10-18 13:22
- 阅读 ( 2768 )
NCBI上下载参考基因组信息
有时候，常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组，比如ensembl，JGI上都没有，这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组；但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整，而且基因和染色体编号都会重新命名，用起来很麻烦；所以除非迫不得已，一般不建议从NCBI上下载参考基因组;
- 7
- 12
- omicsgene
- 发布于 2018-10-18 12:00
- 阅读 ( 42402 )
