收藏贴-基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解

Metascape网站(http://metascape.org )是一个能对基因或蛋白质列表进行注释和富集等分析的在线工具

Metascape网站(http://metascape.org )是一个能对基因或蛋白质列表进行注释和富集等分析的在线工具,除了传统的GO注释和富集之外还提供的蛋白质互作分析结果,网站基本维持每月更新,确保分析结果及时准确,而用户只需要输入需要分析的基因列表即可完成一键式分析,极大方便了没有编程基础的生物科研工作者。

操作
Metascape的使用非常简单,
只需要在对应的位置输入基因或者蛋白列表(见下图),可以直接粘贴也可以导入列表文件,并且网站页面给出了各种案例文件的格式。目前网站接受多种形式的id,包括Entrez Gene ID,RefSeq (RNA and Proteins), Gene Symbol and aliases,Ensembl (Gene, Transcript, Protein),UCSC,UniProt。
attachments-2019-05-T5Jvt9xo5cdcbc90652b2.jpg

用户输入需要分析的基因并提交,网站会对提交的基因id进行识别鉴定,之后可以选择分析方式,Express Analysis 包含了常规的分析内容,可以一键式获得分析结果,Custom Analysis 可以对需要分析的项目参数等进行设置,之后再进行分析获取结果,此处以Custom Analysis继续进行介绍。attachments-2019-05-WOx80QI35cdcbca48884a.jpg

Custom Analysis 界面会要求设置相关选项,以下图富集设置为例,需要设置富集的相关阈值,要分析的项目(不同的功能选择),背景基因(Background)等等,设置好符合自身要求的选项,开始进行分析。attachments-2019-05-wWZ9iLCj5cdcbcc19c5d8.jpg

完成分析后可以选择进入报告页面,各部分分析结果将以图片形式直观显示,同时可以进行保存。例如:

1、分析完成界面:attachments-2019-05-FUxhJPID5cdcbcde03e2f.jpg

2、 报告界面—右上角可以保存所有结果的压缩包:attachments-2019-05-xXPTyIdp5cdcbceab1a47.jpg

3、 GO分析结果—可以保存为cys,pdf,web等格式:attachments-2019-05-i7pph7Bz5cdcbcf81251e.jpg

4、蛋白质互作分析结果attachments-2019-05-9Pv54TBj5cdcbd046b81a.jpg

Metascape除了提供单一基因列表的分析之外,还可以进行多列基因分析,具体可以通过网站使用手册快速学习。总而言之,简单又好用的网站果断收藏!


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  • 发表于 2019-05-16 09:31
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  • 分类:软件工具

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Daitoue
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