如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol
AnnotationDbi 和 结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-07 18:30
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Daitoue
安生水
R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析
PCA(principal component analysis )主成分分析，可以分析样品之间相关性，确定样品总体上的差异，或者查看是否有批次效应等
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-04 15:21
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omicsgene
linux系统当中源码安装R，无root权限安装
1.安装zlib1.2.5版本及以上 cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix =/share/work/biosoft/zlib make make install 2.安装bzip cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz...
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- omicsgene
- 发布于 2018-06-02 18:03
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microRNA
Perl读写Excel
生信分析是用的 .xls 文件 大多是文本格式的文件，是可以被Perl读取的，但遇到真的excel文件时，就不行了，这时候就需要使用模块 使用的模块为： Spreadsheet::ParseExcel Spreadsheet::Writ...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-01 13:59
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landy
linux系统中ls命令的常用用
ls命令是linux下最常用的命令。ls命令就是list的缩写,缺省下ls用来打印出当前目录的清单，如果ls指定其他目录，那么就会显示指定目录里的文件及文件夹清单。通过ls 命令不仅可以查看linux文件夹...
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- landy
- 发布于 2018-06-01 13:18
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perl 读取文件中的科学计数数字
Perl读取文件中的科学计数法数字是是以字符串读取的，需要将其转化为小数，方法如下 use Math::BigFloat;my $i = new Math::BigFloat '1.931533e-01'; 这里用到了Math::BigFloat这个包，就...
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- 安生水
- 发布于 2018-06-01 13:11
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GSEA分析需要的基因集Molecular Signatures Database是什么？
在作GSEA的分析时候需要提供一个预先定义好的基因集，用来评估基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用，那么基因集都包括哪些呢？ GSEA官网的基因集...
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- landy
- 发布于 2018-05-31 16:03
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aggregate对数据分组处理
利用aggregate对数据进行分组处理，包括分组求和，分组取均值，最大值，中位数等等
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- Daitoue
- 发布于 2018-05-31 15:52
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