微生物群落功能注释-FAPROTAX数据库介绍及使用

微生物多样性分析中,常常需要对微生物群落功能进行注释,FAPROTAX数据库方便简单效果好,一行代码即可生成功能注释表,今天就给大家介绍该数据库内容及使用方法。 FAPROTAX数据库简介 1. FAP...

扩增子分析视频课程推荐:https://bdtcd.xetslk.com/s/qZRiF 


微生物多样性分析中,常常需要对微生物群落功能进行注释,FAPROTAX数据库方便简单效果好,一行代码即可生成功能注释表,今天就给大家介绍该数据库内容及使用方法。

FAPROTAX数据库简介

1. FAPROTAX是Louca等人根据已发表的文献手动构建的数据库,它把原核微生物的分类和代谢等功能对应起来,目前收集自4600多个原核微生物的80多个功能分组7600多条功能注释信息,并且还在不断更新。

attachments-2020-09-Bu84mbJC5f630050281f9.png

2. 作者编写了一个python脚本,把样本的OUT表转换成下图所示的六个表。分别是:样本的功能表、过程报告、每个功能分组的OTUs、每个功能分组重叠的表、分析过程用到的注释信息、输入样本OTU表的子表(仅列出与特定功能相关的OTU)。

attachments-2020-09-HjcNf1m25f630056864c5.png

3. FAPROTAX会更适用于海洋湖泊生物化学过程(硫、氮、氢和碳循环)中的功能注释,因为作者发表的文章中就是用FAPROTAX来分析海洋微生物的分类和功能,所以这方面的功能更全一些,但很多已发表的文章也用它将进行土壤微生物的功能注释,效果也很好。下面是作者基于FAPROTAX数据库生成的功能表进行绘制的图片。


attachments-2020-09-yFA0GqIe5f62fea9c2669.png

Docker使用

1. 准备文件:样本的OTU表(biom格式)、作者写的脚本和FAPROTAX数据库。获取链接:http://www.loucalab.com/archive/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Download
(1)下载

attachments-2020-09-CfTu7P7P5f62ffa1bf506.png
(2)解压后(中间两个文件)

attachments-2020-09-VLZ7OaXY5f62ffa8a4eff.png

2. 启动docker及下载扩增子镜像

docker search omicsclass  #搜索omicsclass提供的docker镜像docker pull omicsclass/ampliseq-q1  #下载扩增子镜像docker images  #检查是否下载完成

3. 在D盘下建立FAPROTAX文件夹,把准备好的三个文件放进去。

4. 运行以下代码进入虚拟机后,查看文件。

docker run --rm -v D:/FAPROTAX:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:latest #进入虚拟机
attachments-2020-09-h01z5OOF5f62ffb278779.png
5. 运行以下代码,生成功能表和过程报告。

python collapse_table.py -i otu_table_clean_rare.biom  --collapse_by_metadata 'taxonomy' -v --force -o faprotax1.txt -r faprotax_report.txt

功能表faprotax1,基于这个表就可以进行样本和注释功能的图片绘制(最好先进行筛选)。

attachments-2020-09-5tUqe1R35f62ffc18b8bd.png
过程报告faprotax_report,可以看到具体信息,挑选感兴趣功能的进行筛选。
attachments-2020-09-WoQNijBl5f62ffc9aa6a1.png

参考文章:DOI: 10.1126/science.aaf4507


更多FAPROTAX数据库使用说明:http://www.loucalab.com/archive/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Instructions

此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下:

1.docker 生物信息工具安装

2.OTU网络图

3.R 语言入门与基础绘图

4. 转录组标准分析后的数据挖掘

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读

6. 更多学习内容:linux、perl语言画图,更多免费课程请点击以下链接:

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1433306807

  • 发表于 2020-09-17 14:20
  • 阅读 ( 11691 )
  • 分类:宏基因组

0 条评论

请先 登录 后评论
Morii
Morii

15 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 654 文章
  2. 安生水 325 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. rzx 67 文章
  8. xun 66 文章