JGI-IMG微生物功能基因组数据库介绍

JGI-IMG微生物基因组数据库介绍

IMG(Integrated Microbial Genomes,https://https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi/m/main.cgi)由美国能源部联合基因组研究中心(Joint GenomeInstitute,JGI)于2005年创立,是综合的微生物基因组数据库及比较分析系统。IMG收录了细菌、古菌、质粒、病毒以及少量真核生物基因组数据,其数据主要来源于NCBI的RefSeq数据库,但是增添了更加详细的注释信息,例如CRISPR序列、信号肽、非编码RNA、功能基因等。IMG基于COG、Pfam、TIGRfam、InterPro、GO和KEGG等数据库产生基因家族的注释信息。其主页如下所示:

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IMG整理了详细的微生物基因组信息,包括物种的分类、生存环境、基因组序列长度、GC含量、编码基因数目、数据质量以及研究项目信息等,目前仅细菌基因组收录的数目已超过8万多。在IMG搜索页面(Find Genomes),每个条目均可排序筛选,查询搜索十分方便,且基因组信息可以很方便的输出。

attachments-2020-09-znxobGMI5f59d21aaee4f.png还有关于细菌功能的收录整理:

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  • 发表于 2020-09-10 15:16
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  • 分类:宏基因组

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