beta多样性中的距离矩阵总结

距离矩阵差别:jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac(weighted/unweigted)


Beta 多样性不同生态系统之间多样性比较:物种丰富度(有无)和均匀度(相对丰度)


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先看纵向:

present/absence: 基于物种丰富度(种类有无)的计算距离矩阵,样品中稀有OTU数量对其影响较大,稀有OTU也就是相对丰度很低的微生物种类;

Abundance: 基于微生物均匀度(相对丰度)计算距离矩阵,主要决定于样品中相对丰度较高的物种,相对丰度低的稀有OTU对结果影响较小;

如何选择: 如果你的样品环境梯度较短或者变化不是那么剧烈,或者对照处理没那么变态,不会对环境中物种的种类引起较大的变化,建议选择:加权weighted unifrac,bray-curtis等距离;

相反的话jaccard和非加权的unweighted unifrac距离矩阵更好一些;


再横着看:

算法Unifrac距离法,是根据系统发生树进行比较,会根据16s的序列信息对OTU进行进化树分类, 因此不同OTU之间的距离实际上有“远近”之分。

而其他距离算法认为OTU之间的关系是平等的。

如下图所示:


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  • 发表于 2018-05-24 13:20
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  • 分类:宏基因组

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