微生物多样性16S计算物种累计曲线

R语言 vegan包计算物种累计曲线

R语言 vegan包计算物种累计曲线

vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。


输入数据,otutable:列表示不同的物种,行表示不同的采样点,中间的数字代表物种丰度:

attachments-2020-01-haxVPD5K5e1ead2346edc.png

示例代码:

require(vegan)
otu <- read.table("otu_table.txt", header = T,
                       sep = "\t",row.names=1)
all <- specaccum(otu, method = "random")  
png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)
plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,
    ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",
    ylab = "Number of  species")
boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+")
dev.off()

绘图结果:

attachments-2020-01-m0PaHQw35e1ead8e860bd.png

最终的物种累计曲线中,横坐标是样本个数,纵坐标是发现的物种个数,随着样本个数的增加,发现的物种个数也不断增加;物种累计曲线反应的就是抽样个数对物种多样性的影响;如果曲线末端部分呈现 急剧上升的趋势,表明抽样量不足;增加样本量,还能继续发现新的物种;当曲线末端上升趋势趋于平缓时,则表明采样量足够。


示例数据下载:otu_table.rar

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  • 发表于 2020-01-15 13:38
  • 阅读 ( 146 )
  • 分类:宏基因组

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