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MA plot 绘图计算公式

MA图主要应用在基因组数据可视化方面，实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下： M一般做Y轴...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-10 13:20
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ggplot2分面facet_grid调整坐标

ggplot2分面设置facet_grid实现一页多图 facet_grid(facets, margins = FALSE, scales = "fixed", space = "fixed",  shrink = TRUE, labeller = "label_value", as.table = TRUE,  switch = N...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-09 15:01
  • 阅读 ( 11835 )

ggplot2主题theme参数

ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x,  axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x,  axis....

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-08-08 17:50
  • 阅读 ( 6517 )

R语言文件目录操作

R语言对目录和文件的基本操作方法

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-08-01 15:56
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rmvnorm函数生成随机矩阵

借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵 安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...

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  • 发布于 2018-07-25 11:42
  • 阅读 ( 11201 )

eclipse当中R插件StatET安装

StatET是一个eclipse R语言高亮显示插件，可以高亮显示R语言代码。安装之前请在电脑中提前安装好R编译环境。 支持在Eclipse平台上（通过将代码发送到R）运行R代码 支持语法高亮显示 支持使用R代码模板 支持创建R的文档文件(*.Rd) 可以从Eclipse运行R命令

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-18 16:19
  • 阅读 ( 5413 )

Rstudio 防止中文乱码（保存与显示）

为了防止代码文件出现中文乱码，一般在Rstudio中，都要求将文件保存为UTF-8格式，同时打开显示也要求以UTF-8格式进行显示，相应的设置方法如下： 保存文件： 进入Tools——Global Options，选...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-17 11:57
  • 阅读 ( 16960 )

删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-16 18:05
  • 阅读 ( 9287 )

创建有序因子

利用factor() 或者ordered() 两个函数将普通变量转换成有序因子。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 17:29
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ggplot2 绘图 离散型颜色选择 ColorBrewer

利用ggplot2绘图 scale_fill_brewer() 或者scale_color_brewer() 会使用到ColorBrewer 配色。可以利用相关的命令查看改配色方案。 library(ggplot2)RColorBrewer::display.brewer.all() 通...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-13 16:53
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GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

利用GEOquery包的getGEO()可以进行芯片相关数据的下载，不过，有人反映不少芯片的表达矩阵下载经常出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-07-06 16:00
  • 阅读 ( 8405 )

R语言绘制维恩图空值NA处理

行数不同的数据读入R，批量去除NA，绘制韦恩图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-05 16:16
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Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色

Vennerable绘制维恩图颜色比较丑如何自己设置颜色。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-04 12:02
  • 阅读 ( 8521 )

统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

R统计不同差异组合，上下调基因个数；并用ggplot2绘制柱状图。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-03 14:02
  • 阅读 ( 10246 )

R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率，并用ggplot绘制柱状图；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:46
  • 阅读 ( 8448 )

R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

R语言，按数值范围统计频次，绘制柱状图

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:33
  • 阅读 ( 8190 )

R语言统计数据范围并用ggplot2绘制饼图

按范围统计数值分布，并用ggplot2绘制饼图；

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-01 15:22
  • 阅读 ( 7751 )

R处理大数据时内存out of memory的问题

R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题，相关解决方法： 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况（MB） 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-29 13:16
  • 阅读 ( 3099 )

R 删除重复数据

R 删除重复数据的方法，包括duplicated 和unique 针对duplicated, 对向量的元素或数据框的行进行操作的时候，返回逻辑值，以下面的数据框为例：  dat   A B C D1  a b a c2  c k b d3  c k c c4...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-27 22:00
  • 阅读 ( 3739 )

Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用

系统聚类Hierarchical clustering（层次聚类、谱系聚类）— 最短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-06-22 12:11
  • 阅读 ( 5491 )