pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

pheatmap 绘图出现报错信息类似: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)

pheatmap 绘图出现报错信息类似:

Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)


出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。

其一是原数据中本身存在NA等情况,其二是原数据存在数据完全无变化,但pheatmap()函数中却选择了scale参数进行处理。例如其中一个基因(row)数值完全无变化,scale处理将产生NaN 之后外调hclust将无法成功


> A=c(1,1,1,1,1,1,1)
> scale(A)
     [,1]
[1,]  NaN
[2,]  NaN
[3,]  NaN
[4,]  NaN
[5,]  NaN
[6,]  NaN
[7,]  NaN
attr(,"scaled:center")
[1] 1
attr(,"scaled:scale")
[1] 0
hclust(scale(A))
Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed


此时检查数据是否存在此类问题即可

我们推荐:R语言入门R语言画图


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  • 发表于 2019-10-25 14:22
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  • 分类:R

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Daitoue
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