芯片原始数据标准化的几个包的安装

芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外,也可以利用bioconductor的几个包,不过需要注意介于R版本的问题,包的安装基于install.packages可能安装不成功。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 10:38
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分组柱状图添加误差线(位置)--ggplot2

分组柱状图的绘制可以基于ggplot2,具体可以参考: 分组柱状图--ggplot2 。 如何针对分组柱状图添加误差线并合理调整位置呢?主要基于geom_errorbar及其参数position进行细节调整。 譬如基于上...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-04 11:16
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R语言sort()与order()

基于sort()或者order对向量元素排序:返回排序后的向量,后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作(A也可以是数值型): > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-23 15:43
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R语言scale()标准化

R语言中scale函数,可以对数据进行处理,标准化(归一化)在一定的范围,比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般...

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  • 发布于 2018-11-23 14:52
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R语言获取两个数组向量交集与并集

在R语言中如何获取两个向量之间的交集与并集? 交集可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量: > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" ...

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  • 发布于 2018-11-16 17:14
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安装R包的几种方法

常见的两种R包的安装方法

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  • 发布于 2018-11-15 16:56
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R的几个内置常量

R里面有几个内置常量,方便我们直接调用而非创建: 1、26个字母LETTERS, 小写字母怎么办? 有letters > LETTERS [1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q...

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  • 发布于 2018-11-09 17:07
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VennDiagram各区域信息提取

VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包,最多能够绘制五组数据,其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整,可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-09 15:37
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R语言apply批量进行t.test

批量t.test

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-08 21:53
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Vennerable包venn返回结果绘图

Vennerable包绘图过程  是由Venn函数 对各组数据构成的列表 进行处理返回一个Venn 对象,该对象是s4 譬如:  library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, typ...

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  • 发布于 2018-11-02 15:16
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rgb函数选择颜色(并控制深浅)

R语言绘图过程中,常会使用颜色值,有时无法直接控制图片颜色的透明度,可以基于rgb()获取颜色,控制颜色深浅。 例如显示一下 红色: barplot(1,1,col="red")  当col="red"  或者col="#FF000...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-02 14:48
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Vennerable绘图组别名称(标签)位置调整

利用Vennerable可以进行绘图,以包自带的数据绘图如下: library(Vennerable)data(StemCell)w <- Venn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整  可以基于Venn...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-02 13:35
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解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题

解决R中devtools安装github软件包遇到“SSL connect error”的问题

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  • 发布于 2018-11-01 17:26
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pheatmap绘制聚类热图

R语言里面能够绘制热图的方法非常多,除了基本函数外还涉及了多种R包,其中一个包是pheatmap。 pheatmap意为pretty heatmaps,是一个非常有效且能快速绘制出聚类热图的R包,其绘图函数pheatmap...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-30 11:24
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Vennerable包的安装

Vennerable包并没有在CRAN,所以他的安装需要提供相应的链接,其安装方法可以在:http://r-forge.r-project.org/projects/vennerable 找到,或者  https://github.com/js229/Vennerable  后者...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-26 16:18
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对R包的操作(查询、版本、更新等)

R中对包进行操作的命令很多,涉及从包的安装、查询、更新、卸载等等。这里介绍几个常见的操作

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-24 16:01
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plot单独画出pheatmap返回的聚类结果(聚类树)

前面两篇文章介绍到pheatmap返回行和列的hclust结果: pheatmap返回的结果解释(获得新的排序信息)  http://www.omicsclass.com/article/507 cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分 ...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-19 15:44
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cutree对pheatmap返回结果实现聚类cluster划分

此前给大家介绍过pheatmap聚类后的矩阵数据重排:http://www.omicsclass.com/article/507 其中给大家介绍到了pheatmap返回结果是一个列表,其中包括行列聚类的返回结果,而这一结果又是基于hcl...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-19 14:53
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pheatmap返回的结果解释(获得新的排序信息)

pheatmap是一个热图绘制的R包,全称pretty heatmap。利用的绘图函数是pheatmap(),对应的数据则是一个数值矩阵,譬如基于如下的矩阵10X6: > mat              CK-WT-1      CK-WT-2     ...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-19 14:23
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采用traceback 进行R语言报错信息的调试

采用traceback 进行R语言报错信息的调试

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  • microRNA
  • 发布于 2018-10-18 20:54
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