colorRamPalette函数生成调色板

colorRamPalette 为grDevices包函数,可用于生成渐变调色板

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  • Daitoue
  • 发布于 2019-01-04 15:15
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rainbow函数取色

rainbow函数取色

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  • Daitoue
  • 发布于 2019-01-03 17:43
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R语言中读入数据时指定每一列数据类型

R语言中读入数据时指定每一列数据类型

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  • 安生水
  • 发布于 2018-12-29 09:59
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芯片差异分析分组矩阵

芯片数据差异分析分组信息构建分组矩阵

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-21 16:43
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批次效应移除算法

识别和清除批次效应对芯片数据的影响相关算法

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-21 14:44
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vcftools去除或保留vcf文件中的样品

vcftools去除或保留vcf文件中的样品

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  • 安生水
  • 发布于 2018-12-21 14:08
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exprs.MA函数提取MAList芯片红绿强度(表达量)

双通道芯片分析exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-21 13:47
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R语言绘制频数、频率分布直方图

R语言绘制频数、频率分布直方图

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  • 安生水
  • 发布于 2018-12-21 13:36
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双通道芯片MA和density

limma包可以对芯片数据进行处理绘图

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-14 16:50
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avereps相同ID取均值(limma包函数)

avereps按照ID取均值

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-14 15:35
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轻松搞定iTOL注释文件

轻松搞定iTOL注释文件

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  • 安生水
  • 发布于 2018-12-14 15:21
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Illumina microarray未标准化数据分布

不同于affy包对affymetrix芯片数据分布绘图,Illumina microarray数据分布是基于lumi包: boxplot-method density-method affy包也可以利用boxplot,不过密度图确实利用hist,此处就展示一...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 17:23
  • 阅读 ( 3201 )

芯片RNA降解情况

芯片RNA降解图 RNA的降解是影响芯片数据质量的一个很重要因素,一般,RNA从5端开始降解,所以理论上探针5端的荧光强度应该低于3端。 RNA降解曲线的斜率表示了这种变化趋势,斜率越小,说明降...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 16:38
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affymetrix芯片未标准化数据分布

获取芯片原始数据得到为标准化的数据,需要查看原数据的分布情况,可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果:AffyBatch对象为例(GSE66196) 1、箱线图:基于boxplo...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 14:46
  • 阅读 ( 2836 )

芯片灰度图

基因芯片灰度图是最原始的图像,每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 13:37
  • 阅读 ( 3168 )

芯片原始数据标准化的几个包的安装

芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外,也可以利用bioconductor的几个包,不过需要注意介于R版本的问题,包的安装基于install.packages可能安装不成功。

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-07 10:38
  • 阅读 ( 5808 )

分组柱状图添加误差线(位置)--ggplot2

分组柱状图的绘制可以基于ggplot2,具体可以参考: 分组柱状图--ggplot2 。 如何针对分组柱状图添加误差线并合理调整位置呢?主要基于geom_errorbar及其参数position进行细节调整。 譬如基于上...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-04 11:16
  • 阅读 ( 14278 )

R语言sort()与order()

基于sort()或者order对向量元素排序:返回排序后的向量,后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作(A也可以是数值型): > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-23 15:43
  • 阅读 ( 3721 )

R语言scale()标准化

R语言中scale函数,可以对数据进行处理,标准化(归一化)在一定的范围,比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-23 14:52
  • 阅读 ( 10233 )

R语言获取两个数组向量交集与并集

在R语言中如何获取两个向量之间的交集与并集? 交集可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量: > A=LETTERS[1:10]> B=LETTERS[5:15]##交集 > intersect(A,B)[1] "E" ...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-11-16 17:14
  • 阅读 ( 10250 )