R - 文章 - 第11页 - 组学大讲堂问答社区

ggplot2不同几何对象所能对应的图形属性

不同几何对应所能对应的图形属性设置，以及默认的统计变换形式。表格如下： geom stat aes geom_abline abine colour,linetype,size geom_area identity colour,fill,linetype...

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Daitoue
发布于 2018-08-31 15:03
阅读 ( 3054 )

ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

利用ggplot2进行x、y坐标轴互换只需借助coord_flip()即可，譬如，以ggplot2绘图代码 http://www.omicsclass.com/article/92 为例，添加一个坐标互换函数，实现互换 library('ggplot2')libr...

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Daitoue
发布于 2018-08-24 13:40
阅读 ( 11830 )

ggplot2图片保存

R语言中可以将图片结果保存成pdf或者png，具体涉及两种方法： pdf()和png() 以ggplot2绘图结果： http://www.omicsclass.com/article/92 的图片保存为例 pdf(file = "p.pdf",width =1...

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Daitoue
发布于 2018-08-23 11:42
阅读 ( 26134 )

ggplot2隐藏图例

这里简单介绍两个隐藏图例的方法其一利用引导元素guides实现：譬如借用www.omicsclass.com/article/92 分组柱状图代码： library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E"...

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Daitoue
发布于 2018-08-23 11:30
阅读 ( 19770 )

ggplot2几个主题类型

演示ggplot2几个默认的主题类型，直接套用对应的函数即可数据参考 http://www.omicsclass.com/article/92 dat type Sample Num1 A sample1 902 B sample1 343 C sample1 ...

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Daitoue
发布于 2018-08-17 16:33
阅读 ( 4181 )

饼图pie-ggplot2

绘制饼图的过程中，利用ggplot2的geom_bar结合coord_polar实现，需要理解的点是饼图的排布是按照aes(fill）的因子顺序确定的。譬如数据如下 > dat type Num1 A 902 B 343 C 56...

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Daitoue
发布于 2018-08-17 14:28
阅读 ( 8792 )

R语言-相关性矩阵分析

R语言-相关性计算

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安生水
发布于 2018-08-17 13:56
阅读 ( 5230 )

堆叠柱状图-ggplot2

绘制堆叠柱状图，重点重点在于geom_bar中postion="stack"，数据参考：http://www.omicsclass.com/article/92 dat type Sample Num1 A sample1 902 B sample1 343 C sample1...

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Daitoue
发布于 2018-08-17 10:12
阅读 ( 14676 )

R 语言colors()657种颜色

R进行绘图多会涉及颜色搭配问题，利用colors()可以获得R种的657种颜色名称。 head(colors(),20) [1] "white" "aliceblue" "antiquewhite" "antiquewhite1" [5] "antiquewhite2" "...

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Daitoue
发布于 2018-08-10 14:29
阅读 ( 13496 )

MA plot 绘图计算公式

MA图主要应用在基因组数据可视化方面，实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据，现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。其计算公式如下： M一般做Y轴...

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Daitoue
发布于 2018-08-10 13:20
阅读 ( 10680 )

ggplot2分面facet_grid调整坐标

ggplot2分面设置facet_grid实现一页多图 facet_grid(facets, margins = FALSE, scales = "fixed", space = "fixed", shrink = TRUE, labeller = "label_value", as.table = TRUE, switch = N...

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Daitoue
发布于 2018-08-09 15:01
阅读 ( 12127 )

ggplot2主题theme参数

ggplot2绘图theme参数设置 theme(line, rect, text, title, aspect.ratio, axis.title, axis.title.x, axis.title.x.top, axis.title.y, axis.title.y.right, axis.text, axis.text.x, axis....

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Daitoue
发布于 2018-08-08 17:50
阅读 ( 6721 )

R语言文件目录操作

R语言对目录和文件的基本操作方法

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omicsgene
发布于 2018-08-01 15:56
阅读 ( 10838 )

rmvnorm函数生成随机矩阵

借助rmvnorm()生成一个多维正态随机矩阵安装mvtnorm包 > install.packages("mvtnorm")> library(mvtnorm) 生成随机矩阵x=rmvnorm(n,mean=rep(0,nrow(sigma)),sigma=diag(length(mean)…)...