多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制

蛋白质分析,经常要分析蛋白质的保守结构域,通常要展示多序列比对结果才能说明不同序列间的保守性;看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果;今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图:

蛋白质分析,经常要分析蛋白质的保守结构域,通常要展示多序列比对结果才能说明不同序列间的保守性;看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果;今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图:

attachments-2018-10-A8HlepO25bc93bdda9a3c.jpg

1. 获得蛋白质序列

这里我直接在NCBI上搜索一下WRKY基因家族基因的蛋白质序列来进行后续的分析演示,获取方法如下图所示,搜索之后随机勾选几个基因,然后把序列下载下来,下载方法如下图所示:

attachments-2018-10-WJSnvOBC5bc93be80d51c.jpg

2. 多序列比对

下载下来的序列首先要进行多序列比对,我们采用MEGA软件里面的clustalw来进行多序列比对。操作方法如下:打开MEGA软件,然后点击align新建一个比对,注意选择蛋白质,具体步骤如下所示:

attachments-2018-10-wF7oM6HH5bc93bf27ca08.jpg

然后,把上一步下载的fasta文件导入到MEGA,之后就可以点击W,也就是clustalW软件来做多序列比对,基因少的话,这步很快就能完成:

attachments-2018-10-1IRsbIDu5bc93c00c575c.jpg

比对完成之后,就可以导出fasta格式的比对结果文件:

attachments-2018-10-uYGv3IHm5bc93c0d7bff0.jpg

3. geneDoc软件分析基因保守结构域

geneDoc软件的下载地址:https://github.com/karlnicholas/GeneDoc,这个软件的安装十分简单,双击一直下一步就可以完成安装,这里就不赘述了;安装好了软件打开;然后就可以导入比对好的序列,注意对于fasta的比对结果,这里采用file->import的方式导入比对文件,如下所示:

attachments-2018-10-O6oKsG8j5bc93c1b9aca1.jpg

导入之后,就可以得到文章开头的图片了:

attachments-2018-10-tpXNh3XM5bc93c29354e7.jpg


4. 编辑美化结果:

圆圈1处,可显示和不显示相似按钮,圆圈2处为调出设置对话框:

attachments-2018-10-uORylvN35bc93c33efb3b.jpg

不同的显示模式:横排不同的字母按钮为不同的显示模式,下图为H彩色显示模式,很容易我们就发现了WRKY基因的保守结构域部分:

attachments-2018-10-LjOtVv575bc93c401e91d.jpg

怎么样?这样看起来就漂亮多了吧!自己赶快来试试吧!

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  • 发表于 2018-10-19 10:07
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  • 分类:软件工具

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