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您好，GWAS中的LD衰减分析，需要对用到的VCF文件进行过滤（缺失率，第二等位基因频率等）吗？

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5 PSMC如何在一同一张图里用不同颜色展示不同分组的样品

  • Iron 2023-08-23 10:08
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10 尊敬的老师！！恳请您在百忙中帮忙解答！根据群体遗传进化课程我构建进化树，显示如下错误。我的VCF文件通过如下命令进行排序，。排序后VCF文件缩小了很多，是对的吗？是不是我的vcf文件有问题，但是我PCA和STRUCTURE都是可以分析的，急需亲爱的老师们解答！！！

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10 尊敬的老师，在按照咱们课程进行选择消除分析 fst pi ROD时，可以正常输出pi.wild，为什么画图的时候图为空的，是不是数据有问题，我的数据是真菌的，fai文件只有1kb，

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老师，根据遗传进化课程做LD，测试文件和我的数据输出的文件都是空的，这是什么问题呢？

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我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

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10 关于TajimaD的筛选问题

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GWAS课程中LD分析使用示例数据一直做不出来，检查很久都没有解决问题，麻烦老师进行解答。

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5 我手里有老师给的700＋水稻品种，这700＋品种重测序结果直接从水稻3K里down下来的，请问可以用来做遗传群体进化分析吗？

  • 2023-11-14 15:42
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我做群体结构研究

  • 2023-10-28 00:30
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Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

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PSMC 作图问题

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老师您好，我根据教学指导试了很多次都不能将vcf文件转换成phy文件，重新运行还是显示这种，求解决方案

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PopLDdecay计算LD，计算后画出的曲线没那么平滑，波动较大，应该怎么处理？如何确定该群体的衰减距离？谢谢

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群体遗传PSMC问题

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群体遗传课程fasttree建树问题

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老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片所示，如何按照对应的窗口计算平均XP-CLR scores呢？

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Fasttree建树失败，报错不是核苷酸序列？只能完成73%

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关于TajimaD计算问题

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启动镜像docker失败

  • ruth 2023-11-14 14:15