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老师您好，我用mutmap的方法分析了f2群体，有三个峰，有个一个峰在99阈值之上，但是做基因分分型时 要么是突变体基因型要么是野生型基因型，而且区间前半段设计不出引物

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老师您好，群体遗传进化分析的课程中根据视频进行PCA分析和LD 可是plink一直无法运行，试过重启电脑也检查了文件名并且下载了V1.2的镜像都不行。其他不需要plink的都可正常运行是怎么回事呢？有什么办法解决吗？谢谢老师

  • 2022-09-25 23:33
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请问我想用GWAS的自然群体进行KAKS分析，请问有什么具体的操作流程吗？

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在做fst绘图输出，pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.Zhongyuan.windowed.pi -F $FAI -f 19226500 -n pi.Zhongyuan一直提示没有pi_manhattan_plot.r 这个命令？

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老师您好，我想用GWAS对候选基因进行进化选择分析，我想证明我的这个基因是受到人工驯化的。我用TajimaD分析发现我的目的基因位置的D值为5，属于受到瓶颈效应或者平衡选择，那么这个结果可以说明我的基因是受到驯化选择的吗？

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treemix中按照课程操作cat w.sh，提示没有这个文件

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vcf2hmp.pl 报错：ERROR: invalid genotype call at marker position

  • 2022-08-10 16:45
1 解决

10 使用plotQ绘制structuretu图的问题

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请问预测到motif后，有没有网站可以查找它的功能

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计算psmc.fq.gz文件错误，打开全是n，是不是我的bam文件错了

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利用人类基因组进行群体遗传PSMC分析求助

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老师，请问基因家族计算Ka/Ks是用提取鉴定好的重复基因序列比对计算，还是用该家族全部CDS序列比对后计算？两个物种之间共线性的基因也是相同方法吗？

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您好，我想请教一下为什么用evolview美化进化树时，总是出现 error: error: at least one valid colorset data should be given; data not upload/ updated 这个提示呢

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老师，您好，我在进化树分析的文件格式转化的过程中遇到了问题，就是命令运行结束，ll发现没有文件出现，这里我有的不会，还请老师指点一下

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群体课程里面 得到的Fst区间 如何合并区间并计算相应的Fst值？

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群体遗传进化分析课程中，如下图所示利用run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个代码并没有在01.phylo_tree文件夹中得到supergene.phy的文件

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请问老师做PCA分析时提示Segmentation fault是什么原因，该怎么解决呢

1 解决

docker安装失败 win11系统怎么装docker

  • 2022-02-08 01:07
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docker

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有关群体pop_Group.txt的问题，最大可以分几个组，如果分组太多怎么修改脚本的颜色设置