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topGO报错

在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes()，其中提供的第二个参数不能有0，否则会报错： showSigOfNodes()拆分之后是： sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的       ...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-22 11:51
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lefse 运行报错python3中

lefse 运行报错python3中

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-10-18 14:38
  • 阅读 ( 1777 )

使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

在基因家族分析中，有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况，或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系，这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析，然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan，进行多物种的基因组共线性绘图。

泛基因组可视化

泛基因组可视化

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  • 发布于 2023-09-07 15:18
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Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-15 17:33
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Minimap2安装与使用

minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-05-12 11:07
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linux使用ossutil下载阿里云数据

linux使用ossutil下载阿里云数据

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  • 星莓
  • 发布于 2023-03-31 16:30
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OrthoFinder 输出结果文件说明

OrthoFinder 输出结果文件说明

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-03-13 14:12
  • 阅读 ( 6822 )

从fasta基因组中提取反向互补序列

从fasta基因组中提取反向互补序列，借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件     -bed 基因位置 共6列：【染色...

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  • rzx
  • 发布于 2023-02-27 14:22
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叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-02-15 15:53
  • 阅读 ( 6119 )

GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法

GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法

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  • 安生水
  • 发布于 2023-02-07 11:44
  • 阅读 ( 3484 )

将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

fasta序列多行变单行

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-26 16:03
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qiime2分类器的训练

训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...

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  • xun
  • 发布于 2022-11-14 15:26
  • 阅读 ( 3420 )

STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析

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IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-06-09 16:52
  • 阅读 ( 7285 )

R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-01-22 10:23
  • 阅读 ( 6516 )

GWAS模型介绍

GWAS模型介绍

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  • omicsgene
  • 发布于 2021-11-15 13:17
  • 阅读 ( 17257 )

GEMMA软件下载安装

GEMMA软件下载安装

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  • 安生水
  • 发布于 2021-11-12 15:07
  • 阅读 ( 4968 )

pRRophetic包预测药物敏感性

pRRophetic包预测药物敏感性

cox模型评估-决策曲线分析（DCA）

cox模型评估DCA曲线

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  • omicsgene
  • 发布于 2021-08-16 16:28
  • 阅读 ( 16771 )