两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图！
使用FigTree制作漂亮的系统发育树。这款软件需要在JAVA环境下运行，所以使用前记得要安装JAVA。 第一步：选择合适的树形 使用File – open 打开树文件（一般为.nwk文件），在左上方绿色...
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- landy
- 发布于 2018-04-22 18:38
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landy
omicsgene
做微生物研究必懂的OTU table相关知识
微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table，因此理解OTU table的含义和来路，对微生物多样性分析至关重要。本文介绍OTU table是怎么样一步一步得来的，及其注意事项。
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- omicsgene
- 发布于 2018-04-20 19:53
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你不知道的微生物互作分析方法
16s测序数据除了进行常规的Alpha多样性分析，Beta多样性分析，以及PCA分析之外，还能做什么？
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- Daitoue
- 发布于 2018-04-20 19:07
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Daitoue
已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？
在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-09-14 11:29
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每天学习一点点
星莓
R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包
1. psych包的corr.test()函数 2. Hmisc包的rcorr()函数
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- 星莓
- 发布于 2023-03-07 13:14
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seqkit序列处理神器的常用命令
seqkit是一个序列处理神器，有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令，详细内容如下
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- 星莓
- 发布于 2022-11-18 17:22
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qiime2分类器的训练
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...
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- xun
- 发布于 2022-11-14 15:26
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xun
进化树美化操作详解- iTOL
绘制进化树，是科研人的基础技能之一，而一张好看的进化树图，不仅能直观得展现基因或物种间的发育进化关系，更能增加文章的观赏性，赢得审稿人的青睐。今天给大家介绍的是一款非常实用且操作简...
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- rzx
- 发布于 2022-10-12 15:53
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rzx
Clustal Omega多序列比对使用方法（命令行及在线网站）
Clustal Omega是欧洲生物信息研究所（EBI）开发的多序列比对排列工具，现已经完全取代了之前ClustalW的地位。最新本的omega比对准确度更高，而且速度更快，适合大规模的多序列比对。
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- 星莓
- 发布于 2022-09-09 14:21
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你想桃子吗
安生水
