为什么做生物信息分析需要学会linux

Linux系统生物信息分析必备利器。

最近看到一篇文章:《完全用Linux工作》感触挺深;

原文地址:https://www.douban.com/group/topic/12121637/

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文章很长,为节约大家的时间,在此总结一下我觉得有意思的观点:


1.你想想如果你没有用过 windows,你肯定会很习惯 /etc, /usr, /usr/local ,... 而不是 C:, D:, E:, ... 是不是?如果你只用过Linux,你第一次用 windows 时恐怕也会问:"/bin 目录哪里去了啊?"  ,所以说习惯成自然,linux并没有那么高深。


2.学 linux 绝对不是浪费时间。用过linux分析数据之后,才发现在linux系统上分析数据的效率是windows没法比的。虽然前期学习linux会花上一部分的时间和精力,但是,一但你学会和习惯了linux的工作方式,你会发现在后续的工作中你会觉得前期花费的时间是值得的。举例来说,你在windows上整理统计一个表格可能会花费你一天的时间,数据一但调整,需要重新分析的时候,又要花费你一天的时间,是不是很痛苦?而在linux上你可能只需要几条命令或者一个简短的脚本分分钟就能完成,即使数据有变动,只要稍稍改一改脚本或者命令,瞬间就能完成工作,是不是很牛。最重要的,这些分析步骤都可以记录,可溯源,不会像windows分析完了,过几天想检查一下,确总是不能重现原来的结果,科学无法严谨,发表论文大忌。所以,牛不是吹的,用过的人都知道;


3.Linux 的系统操作方法几十年都没有很大变化,这非但不是顽固,不进步的象征,反而是Linux的远见卓识的体现!而windows系统一直在不断的升级,每一次升级你都要花时间去适应和学习,而linux你学习一次受用终身。windows上的软件也是一样,例如office从2003,2007,2010每一次升级我们都需要去适应和学习,有时候真的讨厌但又无可奈何。相反,在linux系统就不是这样了,例如,vi 作为linux的一个文本编辑器, 伴随着 UNIX 的最初发行而诞生,直到今天还是世界上头两号编辑器之一,我认识的一位60多岁的老师,用vi都几十年了,没有变化一直在用,是不是很神奇!


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    然而在生物领域,大多数人都是用windows工作的,小编也是学生物出身,起初对linux系统也是一窍不通,甚至也持有那样的观点:linux是学计算机的人用的,我们不学计算机,不需要用linux;但是,随着对linux深入了解和日常使用体会,渐渐的发现linux在生物数据分析中具有巨大的优势:


因此在这里,我来总结一下在linux上做生物信息分析的好处:


1.可以实现自动化,相同,相近的工作可以编写代码或者脚本完成,遇到类似分析只要换换文件,改变一下参数,就能自动完成,这就是我们编写的pipline,分析流程。


2.几乎所有的生物信息分析软件最开始都是基于linux系统开发的,在windows上根本就没法用,在二代测序领域的分析软件尤为如此,像bwa,tophat等比对软件,组装软件等等在windows上就不能用;再有就是由于生物数据量越来越大,随便测个转录组都是上G数据,所以几十G甚至上T的数据都是家常便饭,对处理性能要求远远大于UI操作需求,那么windows就没有了用武之地,只能linux上场了。


3.发表论文中很多精美的图片,尤其是高水平的文章,很多都是用绘图语言完成的,而不是excel的图表功能就能完成的。

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Linux 这么好用,我也想用,该如何入手呢? 别急,我们下期将会教大家如何搭建linux生物信息分析环境,简单易学,敬请期待。


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  • 发表于 2018-04-22 14:48
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  • 分类:linux

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