使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载

NCBI自带的Batch Entrez工具可以根据基因/蛋白id在数据库中批量检索和下载基因/蛋白序列,首先进入网站:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

attachments-2023-11-CBs0WEO46541e53a0be07.png准备一个包含全部基因/蛋白编号的文本文件(ID.txt),格式如下:

attachments-2023-11-CCArxEpT6541e5a68e658.png点击选择文件,选择ID.txt文本文件,database类型选择Protein(如果下载的是基因序列选择Nucleotide):

attachments-2023-11-x9hPqpRH6541e61f50b19.png
点击Retrieve,进入如下页面:

attachments-2023-11-MMvMQkXZ6541e663cad6c.png

点击Retrieve records for XX UID(s),进入搜索结果页面,点击send to,选择输出为fasta格式文件,下载:

attachments-2023-11-ZLtWYtsi6541e6be8bd99.png

这样我们就获得了想要下载的全部蛋白序列:

attachments-2023-11-wcYo9HmW6541e723d74b6.png

  • 发表于 2023-11-01 13:53
  • 阅读 ( 4112 )
  • 分类:软件工具

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