转录组数据分析常用数据库介绍
ANNOVAR人类各个数据库变异注释结果表格说明,SnpEff
实时定量PCR也转录组结合,计算表达量等等;
用基因ID提取其序列很简单,ctrl+F找到ID对应的序列,ctrl+C、ctrl+V就好了,少量基因的还OK,但是如果有几百个甚至上千个ID,手指会不会很酸爽? 这里墙裂推荐一个软件,功能很强大,就是TBtoo...
用迅雷替代官方的prefetch批量下载SRA测序数据,更快更稳定!
做过DNA重测序,群体遗传进化,BSA,GWAS等项目的人都会遇到VCF文件,这个文件记录了全基因组的变异信息,如果不懂VCF文件就无法进行后续分析。
基因家族,理化性质分析
kaks dnds是什么
投稿文章的时候杂志对我们论文当中的图片大小都有要求,关于图片大小的一些概念得明白才能做出符合杂志要求的图片。
Excel表包含信息有:期刊全名、简写名、(2018及2017年)中科院分区、影响因子、学科分类、SCI/SCIE、投稿难易程度、审稿周期及期刊主页链接;并通过红、绿两种颜色来区分升级和降级期刊,期刊分区变化一目了然!进来下载!
dCAPS是由CAPS标记衍生的分子标记。它是通过引物引入错配的碱基,从而构建或者去除限制性内切酶识别位点的标记技术
R 在线安装包,设置全局镜像,以免镜像不好链接中断 local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" options(repos=r)}) 或...
今天主要介绍一下Phytozome网站基因组如何下载,通过blast查询多个物种中得同源基因,以及根据基因相关功能结构域等批量下载相关基因的CDS,PEP等序列信息;
ConsensusClusterPlus 包对基因表达数据进行一致性聚类
筛选出的蛋白怎么去进一步研究它呢?很多人还只停留在定量水平,蛋白质表达量肯定是一个值得考虑探究的因素,但是蛋白质的空间结构与其功能更是相关;蛋白质结构预测你会吗?今天给你分享一款很...
分子进化与系统发生同源基因
pfam数据库介绍及使用
蛋白质分析,经常要分析蛋白质的保守结构域,通常要展示多序列比对结果才能说明不同序列间的保守性;看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果;今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图:
简便好用的序列提取的perl脚本
搜索鉴定基因的保守结构域,应该用专门搜索基因的保守结构域工具CD-search,而不是简单的用blast搜索注释。快速找到这个基因上的保守结构域,对研究基因的功能是非常重要的,因为行驶相同相近功能的基因往往具有相同的保守结构域!