VennDiagram各区域信息提取

VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包,最多能够绘制五组数据,其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整,可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据...

VennDiagram是进行Venn图绘制的 R包,最多能够绘制五组数据,其中一个主要的绘图函数为venn.diagram()

针对该参数相关的参数调整,可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据,也就是venn.diagram() 对应的数据是一个list向量,

数据的读取和整理可以参考:

R语言绘制维恩图空值NA处理:https://www.omicsclass.com/article/259 数据读取方式,

1、譬如经相似读取数据和处理之后,获取一个向量xList,数据基本情况如下:

summary(xList)
        Length Class  Mode     
AT_4000 4000   -nonecharacter
AT_3892 3892   -nonecharacter
AT_3593 3593   -nonecharacter
AT_3000 3000   -nonecharacter
AT_2987 2987   -nonecharacter


一共五组数据,各组数据如上所示,venn.diagram()绘图:

venn.plot =venn.diagram(xList,filename = NULL)

grid.newpage()
grid.draw(venn.plot)

attachments-2018-11-BLni97Cw5be536ed0f407.jpg

之后基于相关代码调整即可。

2 如何获取各区域信息是绘制Venn图的一个关键问题

可以基于VennDiagram提供的计算函数 calculate.overlap 或者get.venn.partitions

以前者为例:

area=calculate.overlap(xList)
typeof(area)
[1"list"
> summary(area)
    Length Class  Mode     
a31 220    -none- character
a30 286    -none- character
a29 285    -none- character
a28 175    -none- character
a27 178    -none- character
a26 149    -none- character
a25 136    -none- character
a24 206    -none- character
a23 232    -none- character
a22 356    -none- character
a21 217    -none- character
a20 284    -none- character
a19 255    -none- character
a18 147    -none- character
a17 204    -none- character
a16 131    -none- character
a15 123    -none- character
a14 213    -none- character
a13 187    -none- character
a12 300    -none- character
a11 278    -none- character
a10 216    -none- character
a9  392    -none- character
a8  209    -none- character
a7  204    -none- character
a6  153    -none- character
a5  165    -none- character
a4  153    -none- character
a3  211    -none- character
a2  224    -none- character
a1  273    -none- character


如上结果显示 五组一共获得31各区域的数据,可以利用返回的list提取每一个区域的结果,譬如取出a1区域(共273)的前10个:


> area$a1[1:10]
 [1"AT3G27960" "AT4G12170" "AT1G58270" "AT3G55290" "AT1G27360" "AT2G02790" "AT1G42990" "AT3G25011"
 [9"AT2G24617" "AT5G55910"


后者get.venn.partitions使用方法可以参考:


如果想提升自己的绘图技能,我们推荐:R语言绘图基础(ggplot2)

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  • 发表于 2018-11-09 15:37
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  • 分类:R

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Daitoue
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