芯片灰度图

基因芯片灰度图是最原始的图像,每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。


基因芯片灰度图是最原始的图像(基本的杂交扫描图之一),每个灰度值都反映了图像所对应芯片位置的荧光分子相对强度信息。利用灰度图可以查看芯片的质量情况,最好

没有杂质,例如太高或者太低强度的信号点,刮擦的痕迹,背景太高等等,整个图像比较均一,背景均一。


基于affy包中的image()函数,对AffyBatch对象直接可以绘制出每一个样本芯片的灰度图,

以GSE66196数据为例,绘制第一个样本灰度图。

image(AffyBatch[,1])


attachments-2018-12-v4OT9XSX5c0a06ec96e19.jpg


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  • 发表于 2018-12-07 13:37
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Daitoue
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