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泛基因家族分析结构变异与基因表达分析

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泛基因家族分析数据准备

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LD绘图

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老师，我做共线性分析时，出现了以下错误，什么也生成不出来

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nextpolish报错

  • _He. 2025-07-08 01:11
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老师，我的Fam_gene.list、PAV_draw.list、PAV_gene.list都正常，但是pav图出现了异常，只有两个PHY基因

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R环境出现报错

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老师，我最后做出来的PAV热图没有同源基因，分析了两个原因。

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您好iqtree2运行的时候报错，“You should increase checkpoint interval from the default 60 seconds”，请问可能是什么问题呢？docker虚拟机CPU：16 core，Memory：64 GB。谢谢！

  • 2025-07-05 22:26
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您好，请问在docker镜像中运行sed -i 's/transcript://' 文件名，报错sed: cannot rename ./sed2GGE7g: Input/output error是什么原因呢？在单位集群中同样的命令执行同一文件，没有报错。多谢！

  • 2025-07-05 22:21
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老师，这是我做出来的PAV热图，每个基因都是物种独有的，这个PAV热图效果是不是不好，这个PHY家族是否合适继续研究，没办法做聚类分析这些了

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老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

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序列相似的家族基因如何设计荧光定量引物？

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泛基因筛选最长转录本时出现问题

  • Yang 2025-07-03 22:25
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泛基因家族分析数据准备

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5 原核生物建立基因组索引出现问题，没有gtf在文件

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泛基因家族分析家族成员存在缺失分析，获取PAV_gene.list和Fam_gene.list

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LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region scaffoldC01:46993000-46994000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt这条代码如何修改能使中间的字体大一点

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使用独享服务器A，256G内存，hifi组装t2t基因组（基因组1g，hifi测序60x），命令运行很久后，竟然自动kill，是内存不够吗

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请问个人怎么才能下载到TCGA的组学，临床和WSI影像数据？

  • Sasa 2025-07-01 10:16