老师您好，我测了4个不同发育时期的转录和代谢，现在主要想关注黄酮和酚酸，我想做一个WGCNA分析，找到跟黄酮和酚酸含量密切相关的基因。我需要准备哪些数据文件呢？（1）是将黄酮和酚酸代谢物含量数据放一起，还是分别做黄酮和酚酸的
（2）基因数据，是用转录组所有的基因还是仅差异基因，还是黄酮和酚酸合成相关的基因呢？
您好，要做WGCNA分析需要至少15个样品。做WGCNA分析需要两个文件：1.所有基因的fpkm表达量文件。
2.所有样品、所有性状的数据文件，您想关注黄酮和酚酸的话，可以将黄酮和酚酸代谢物含量数据作为性状数据。
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