泛基因家族分析-SV和表达量

老师你好,有个问题我一直不理解。

#删除一些不需要的基因的表达量(B73的一些基因在其他物种中不存在同源基因)

perl $scriptsdir/grep_famgene_fpkm.pl WRKY_gene_fpkm.xls ../03.PAV/PAV_gene.list WRKY_gene_fpkm.filter.xls ${ref}

以上这个命令。
1.我WRKY_gene_fpkm.filter.xls的结果为啥是同一个ID会重复对应同一个品系基因组?
2.不需要的基因是指什么基因?能否通俗的解释一下呢。‘不需要的基因’这个是根据PAV_gene.list判断的吧
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1 个回答

rzx

1. 检查输入文件;2 不需要的基因是指,一些基因在其他品系中不存在共线性的同源基因,例如私有基因,但是表达量文件中基因在这个品系中有表达量。这种表达量结果需要变为0

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  • 生信小白 提出于 5天前

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