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10 老师好！我已经用edgR包分析出TCGA差异表达基因，做火山图可视化的过程中报错，求解答！谢谢！

  • 2020-08-21 19:38
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6 基因家族分析 处理GFF 文件里面ID不对应，该怎么处理

  • Leo 2020-08-21 16:34
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20 利用geneid_to_mRNAid提取GFF3文件中的信息时候，发现存在很多假基因导致提取失败，想知道这种情况应该如何解决？？

1 解决

15 有关TBTOOLS做出三连图后显示不统一的问题

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5 提取保守结构域

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15 有关MCscanX共线性分析时一些冷门物种（芦笋，NCBI下载的文件）蛋白质序列的处理问题

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8 更改文件及perl脚本后get_gene_weizhi.pl提取文本依旧为空。

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5 老师！求解答！在TCGA数据基因ID转换中出错！!

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5 老师，您好，我想问一下，公开的RNA-seq数据还有基因组重测序的数据，上传到NCBI的都是原始数据么？如果我对某些感兴趣可以自己学着分析么？有课程么？

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5 请问老师密度图绘制出来为什么是这样？

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5 blast建库比对

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5 老师，我用mapman对非模式作物进行基因通路注释，通过esembl biomart获得每个基因氨基酸序列，然后去官网制作mapping文件，在mapman软件进行注释，过程没有出现问题，也出了图，但是我点开某一通路，想看看有哪些基因的时候，我发现底下的基因注释与图中位置是不一致的，例如图中的ABA、JA，底下的Binname应该是和他们没有关系的吧？请问这是怎么回事

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5 大家好，在用MEGA7.0练习做了进化树，但是结果发现Original tree和Bootstrap consensus tree显示树形不同，这两者有什么区别呢，要哪种结果较好

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5 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log，那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗？还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢？

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10 MCScanX制作pep.fa出现错误，请问怎么解决

  • 2020-07-22 19:09
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5 进行基因家族成员鉴定的时候，是不是在hmmsearch搜索后，只要用CDD或Pfam鉴定出含有该基因家族的保守结构域，就可以认为该基因属于这个家族吗？

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5 如图所示代码问题如何解决

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10 用gffread将gtf转化为fasta报错

  • ST 2020-07-21 16:13
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5 我想问一下，对于MADS-box这种辅助域的Pfam号和DNA-binding的Pfam号不同的基因家族，做成员鉴定的时候，需要下2个种子序列不？

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5 怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记，有没有这方面的脚本可供学习,或者课程