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老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去，不用再建文件夹下载了，然后一步步做Rstudio的操作么，我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器？

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老师，cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

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cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

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老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查了相关文件都能打开，我是做成和share文件里domain_final.bed一样的txt格式，然后在FZ上加后缀bed改为bed格式，请问哪里有问题

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5 叶绿体基因组组装过滤代码错误

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老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

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荧光定量引物设计，是用CDS黏贴到NCBI，blast找到100%序列一致性的基因来设计引物还是，黏贴包含内含子的完整基因序列到NCBI设计引物？

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请问，基因完整序列位置是在gff注释文件中寻找吗？如下基因AUR62002649的基因位置在Chr03的44543929到44575315？相当于这个基因有31386个碱基长度？

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老师 就是在做群体structure分析的时候，clean.vcf.gz文件是下面这中格式，代码需要怎么修改啊，您看一下谢谢，

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包含内含子的完整基因序列如何得到。

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老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

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在进行进化树分析时，运行出clean.sorted.vcf.gz文件后，后续文件跑不出来了，报错原因如图所示

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