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使用blastq进行比对的时候出现的这种问题

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5 二代测序数据可否用于基因家族分析

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基因家族的成员选择

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老师，我想请教一下，在鉴定基因家族成员时，如果此类基因家族的典型结构域有三个比如说A,B,C，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B，C;或者含A，B;或者B，C就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，D这种情况应该怎么办呢，因为出现了别的结构域D

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WGCNA分析内存的问题

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5 大哥，应用你的去除fastq文件重复序列的perl脚本报了一个错。

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老师我想问一下，在鉴定基因家族成员时，可以有什么方法知道成员大概有多少个吗？还是我们自己不知道，但是发文章的时候审稿人知道

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5 AI软件导入PDF

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http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/ 总是打不开

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请问老师如果在一个物种中鉴定了一个家族的蛋白，但这个家族有两个亚家族，亚家族的结构域又有很大的相似性，那该怎样将鉴定到的蛋白分类呢？谢谢解答

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请问在比较基因组学中,怎么区分由祖先染色体加倍还是物种分化后独自加倍而形成的同源基因？比如下面的玉米A和B基因组

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我的基因组文件很奇怪，转录本不是正常的加个“.1”“.2” 我就全部都去掉了只剩下基因ID，在提取蛋白序列的时候怎么将将本 get_fa_by_id修改一下才能提出来呢

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5 关于构建进化树的序列问题

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5 老师，我用的拟南芥示例文件，完全按照老师讲解的步骤，但是在新构建.hmm文件后，再用hmmsearch搜索家族成员时报错是怎么回事？

  • liu 2019-01-13 21:34
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5 关于pip install RSeQC的安装

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一个基因家族中的每个基因有多个转录本，如何取舍？

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5 老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的unigene是核苷酸序列，不是蛋白质序列，这种情况应该怎么办呢？

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5 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

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8 氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此，如何很好构建系统发育树

  • 2019-01-11 23:02
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5 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？