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R怎样读取下载好了的TCGA数据

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在进行共线性分析时，输入/biosoft/MCScanX/mcscanX/MCScanX mcscan/Put，提示说找不到文件，怎么回事，求解

  • bobo 2020-07-25 22:03
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为什么smart输出结果只是文本没有图呢

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https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v4_dicots/，这个网站怎么用？求解，谢谢

  • bobo 2020-07-25 10:30
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GSDS网站打不开，已经两天了

  • bobo 2020-07-25 10:17
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老师，用MEGA构建进化树时，是删掉每个序列的所有gap，还是在删除gap的同时要保证各序列对齐？像下面这种情况，删不删除该区段的gap呢？

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您好，我没有混用脚本啊，可是这个报错我也看不懂，求教

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5 大家好，在用MEGA7.0练习做了进化树，但是结果发现Original tree和Bootstrap consensus tree显示树形不同，这两者有什么区别呢，要哪种结果较好

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请问这个报错如何解决？

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geo数据库中，双通道的矩阵与单通道的矩阵（均已标准化并取log值）都是可以进行WGCNA的吧，如果是的话，那两者的r语句应该是一样的吗？

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请教你个问题，如图所示

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第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

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5 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log，那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗？还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢？

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老师，CDD搜索鉴定结构域，对于命中类型是superfamily的基因，怎么判断它属不属于该家族呢？麻烦老师了

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阈值太大怎么办

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找不到ID对应的蛋白质序列，，，，怎么办

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附图，，，，请问阈值太大了怎么筛选

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红框之内的就是我的问题所在，请您看看，谢谢！

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请问下列这个是报错了吗？这是一个通过id提取蛋白质序列的脚本

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像藻类这种低级生物，基因家族怎样才能找的更全面？