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jcvi安装报错

  • 2020-08-19 20:00
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老师好，做比较基因组学时候发现我的基因ID和转录本ID不是单纯的加了点1点2那么简单，如何做我才能只提取一个序列进行后续分析呢？

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meme下载的motif的eps文件颜色发生了变化

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老师你好，我做的是野生稻，栽培稻的某个基因家族对比分析，如果在进行共线性分析时，我要不要选取一个中间物种，比如拟南芥，然后分别与拟南芥绘制两个共线性图谱分析，还是就拿野生稻和栽培稻绘制一个图谱进行共线性分析好呢？

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利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

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绘图命令报错，layout文件也没有空行，请问老师是什么问题呢？/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.graphics.karyotype --format=pdf --figsize=15×5 mcscan_seqid.txt mcscan_layout.txt

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做基因家族的表达分析，有几个基因没有表达数据，该怎么处理，画热图的时候是建议不展示这几个没有表达数据的基因，还是把这些没有表达数据的基因用0表示

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WGCNA报错显示矢量分配不足

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老师你好！用拟南芥和目标物种的bhlh基因家族成员建树，进化树构建过程中，提示在检验的时候有几条序列失败了，这样构的树可以用么

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关于在基因组拼接中出现的名词hits，pseudomolecule是指什么？求科普

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您好，可以加你微信咨询生物信息学的问题不？谢谢

  • 2020-08-18 21:44
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您好，可以加你一个微信号不，向你请教一些生物信息学的问题，谢谢

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运行/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog RUF SAT --cscore=0.7这个命令时出现错误，怎么解决……

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Evolview美化进化树图片输出时基因名称没有了

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老师，下图是我的gff，文件，看着和您在视频讲的不一样，是不是需要转化一下格式，或者修改一下脚本？

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利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

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老师，您好，请问一下利用基因在不同组织的FPKM值做热图，怎样计算这个值，只学习R语言绘图基础可以吗，有没有针对这个方面的具体操作视频？谢谢

  • 2020-08-17 12:30
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docker 运行meme motif analysis 时显示无meme这个文件

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利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？

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IGV的bam文件如何获得